结论：工作几年后工资由另外一个公司发放是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及劳动关系认定、工资支付主体合法性及是否存在违法分包或转包等情形。以下从不同角度详细分析：

一、劳动关系认定是关键

1. 若劳动者与原公司劳动关系存续，但工资由另一公司代发：

   • 合法情形：若原公司与另一公司存在合法委托关系，且劳动者知晓并同意工资由另一公司代发，同时原公司仍承担用人单位责任（如缴纳社保、提供劳动条件等），则该行为合法。
   • 违法情形：若原公司未告知劳动者或未经劳动者同意，擅自将工资支付义务转移给另一公司，且原公司不再履行用人单位责任，可能构成“变相解除劳动关系”或“未依法支付工资”，劳动者可主张原公司承担违法责任。

2. 若劳动者与另一公司建立新劳动关系：

   • 合法情形：若劳动者与原公司解除劳动关系后，与另一公司签订劳动合同并建立劳动关系，由另一公司支付工资，则完全合法。
   • 违法情形：若原公司未与劳动者解除劳动关系，另一公司直接支付工资且劳动者未与另一公司签订劳动合同，可能涉及“双重劳动关系”或“违法用工”，需根据具体情节判断责任主体。

二、工资支付主体合法性

1. 合法支付主体：

   • 根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位应将工资支付给劳动者本人。若因特殊原因需委托他人代发，应经劳动者同意并书面告知。
   • 若另一公司是原公司的关联企业（如子公司、分公司）或合法委托的第三方（如劳务派遣公司），且符合上述条件，则工资支付合法。

2. 违法支付主体：

   • 若另一公司与原公司无合法关系（如非关联企业、未受委托），且未经劳动者同意直接支付工资，可能涉嫌“逃避用人单位责任”或“非法用工”，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

三、违法分包或转包情形

1. 建筑领域常见问题：

   • 在建筑行业中，若原公司（总承包方）将工程违法分包或转包给无资质的个人或单位（另一公司），且由另一公司支付工资，则可能构成“违法分包”或“转包”。
   • 根据《保障农民工工资支付条例》第三十六条，建设单位或施工总承包单位将建设工程发包或分包给个人或不具备合法经营资格的单位，导致拖欠农民工工资的，由建设单位或施工总承包单位清偿。

2. 其他行业类似情形：

   • 若原公司将业务外包给无资质的另一公司，且由另一公司支付工资，导致劳动者权益受损（如未缴纳社保、未支付加班费等），原公司可能需承担连带责任。

四、法律建议

1. 劳动者角度：

   • 保留与原公司的劳动合同、工资条、社保记录等证据，证明劳动关系存续。
   • 若工资由另一公司支付，要求原公司出具书面说明或委托协议，明确工资支付主体及责任划分。
   • 若发现违法用工情形（如未签合同、未缴社保等），及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 用人单位角度：

   • 避免擅自转移工资支付义务，确需委托代发的，应经劳动者同意并书面告知。
   • 在分包或转包业务时，严格审查承包方资质，避免违法分包或转包导致连带责任。
   • 依法为劳动者缴纳社保、支付工资及加班费，履行用人单位责任。

总结：工作几年后工资由另一公司发放是否合法，需结合劳动关系认定、工资支付主体合法性及是否存在违法分包或转包等情形综合判断。劳动者应保留证据并维护自身权益，用人单位应依法用工并避免违法风险。如有具体问题，可直接向我咨询。