这种情况是否合法需分情况讨论，关键在于是否符合劳动法律法规中关于工资支付主体、支付形式及税务合规的要求。具体分析如下：

1. 若两次发放均属于同一用人单位的工资组成部分，且总额符合约定标准，仅因内部财务安排分两次发放（如分基本工资+绩效）
   此时虽发放主体显示为不同账户（如总公司与分公司、关联公司代发），但只要实际用人单位明确且劳动者无异议，通常不违法。但需注意：

   • 用人单位需在劳动合同或规章制度中明确工资构成及发放方式；
     
   • 两次发放总额不得低于当地最低工资标准；
     
   • 需避免通过分开发放规避社保、个税等法定义务（如将部分工资伪装成“报销款”）。

2. 若两次发放涉及不同用人单位，且劳动者与两单位均存在劳动关系（如兼职、非全日制用工）
   此时需满足：

   • 劳动者与两单位均签订书面劳动合同（非全日制用工可口头协议）；
     
   • 两单位工资总额不超过法定工时上限（如全日制职工月工作时间不超过167小时）；
     
   • 需分别申报个税，但合并计税时可能影响税率跳档。
     风险提示：若两单位存在关联关系（如母子公司），可能被认定为“混同用工”，需承担连带责任。

3. 若用人单位通过第三方平台或个人账户发放工资，且未明确劳动关系主体
   此情形可能涉嫌违法：

   • 违反《工资支付暂行规定》中“工资应通过银行转账或现金形式支付给劳动者本人”的要求；
     
   • 存在偷逃社保、个税的嫌疑（如通过私人账户发放部分工资以减少企业负担）；
     
   • 劳动者维权时可能面临劳动关系认定困难（如无法证明实际用工单位）。

建议行动：

• 劳动者可要求用人单位出具书面说明，明确两次发放的性质（如是否为同一工资的拆分、是否涉及代发等）；
  
• 保留工资条、银行流水等证据，核对两次发放总额是否与劳动合同约定一致；
  
• 若发现用人单位通过分开发放规避法定义务，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如两次发放的金额比例、用人单位关系等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。