结论：分两次发薪是否合法，需结合具体情况判断。只要单位按时足额支付工资，且在劳动合同或相关协议中有明确约定，同时不违反最低工资标准等法律规定，即为合法；反之，若存在恶意拖欠、避税或未经协商擅自变更等情形，则可能构成违法行为。
合法情形
企业正常管理安排：
- 许多企业根据自身的薪酬管理制度，将工资合理拆分为基本工资、绩效工资等不同部分，并在不同时间发放。例如，每月月初发放基本工资以保障员工基本生活需求，月底根据绩效评估结果发放绩效工资以激励员工。
- 关键点：只要两次发放的工资总额不低于当地最低工资标准，且符合劳动合同的约定，这种做法就是合法的。
出于合理税务筹划：
- 在遵守法律法规的前提下，企业对工资发放方式进行合理安排，如将一部分工资以福利形式发放（如交通补贴、餐补等），另一部分以现金形式发放，整体符合税法规定和企业薪酬制度，也是合法的。
- 注意：这里的合理税务筹划必须严格遵守税法规定，不得通过拆分工资来逃避纳税义务。
遵守支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位应按月及时足额发放工资，并书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名及签字，保存两年以上备查。
- 实践操作：只要单位满足这些条件，即使工资分两次发放，也是合法的。例如，企业可以在每月15日发放基本工资，月底发放绩效工资，并确保每次发放都有详细的记录和员工的签字确认。
违法情形
恶意拆分逃避义务：
- 企业为逃避缴纳社保、公积金或个人所得税等法定义务，故意将工资分两次发放，并向有关部门隐瞒真实工资收入情况，属于违法行为。
- 法律后果：这种行为违反了《社会保险法》《住房公积金管理条例》及税收相关法律法规，企业可能面临税务机关的处罚，包括追缴少缴税款、加收滞纳金以及可能的罚款等。
未足额按时支付：
- 如果企业分两次发放工资，但每次发放的时间和金额都不固定，导致员工无法按时足额获得劳动报酬，影响员工正常生活，则属于违法行为。
- 法律依据：这违反了《劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定。
- 员工权益：员工有权要求企业足额支付工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付拖欠工资及相应的经济补偿。
未经协商擅自变更：
- 若企业在未与员工协商一致的情况下，擅自将工资发放方式从一次性发放改为分两次发放，这违反了劳动合同的约定和《劳动合同法》的相关规定，损害了员工的合法权益。
- 解决途径：员工可以与企业进行协商，要求恢复原来的工资发放方式；若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结与建议
- 企业角度：企业在决定工资发放方式时，应充分考虑员工的感受和实际需求，确保工资发放方式的合法性和合规性。同时，企业应与员工进行充分沟通，确保双方对工资发放方式有明确的了解和共识。
- 员工角度：如果员工对企业的工资发放方式有疑问或不满，应及时与企业进行沟通协商。若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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