工厂违法辞退员工时，工资结构中的底薪和加班费均应计入经济赔偿的计算基数，赔偿标准按员工工作年限，每满一年支付两个月工资（含底薪和加班费等应得收入）。具体分析如下：

1. 辞退赔偿的法律依据与计算基数
   根据《劳动合同法》第四十七条、第八十七条，用人单位违法解除劳动合同的，需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。经济补偿的计算基数为“劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资”，此处的“工资”包含底薪、加班费、奖金、津贴等所有货币性收入（《劳动合同法实施条例》第二十七条）。因此，计算赔偿时需将员工离职前12个月的底薪和加班费总和平均后，乘以工作年限对应的倍数（每满一年支付两个月工资）。

2. 加班费是否计入赔偿基数的实务认定
   司法实践中，加班费属于劳动者正常劳动的延伸报酬，必须纳入赔偿基数。例如，若员工月底薪为5000元，月均加班费为2000元，则月平均工资为7000元。若工作满3年，工厂违法辞退的赔偿金应为：7000元×3年×2倍=42000元。若工厂仅以底薪5000元为基数计算，则属于违法克扣，劳动者可主张差额部分。

3. 特殊情形下的计算调整

   • 工作年限不足半年：按半个月工资计算经济补偿，违法辞退则支付一个月工资赔偿（如工作4个月，月均工资7000元，赔偿金为7000元）。
     
   • 月工资高于当地社平工资三倍：按社平工资三倍为基数计算，且支付年限最高不超过十二年（如当地社平工资三倍为30000元，员工月均工资50000元，工作15年，赔偿金为30000元×12年×2倍=720000元）。
     
   • 未签劳动合同的双倍工资差额：若工厂未签合同，员工可额外主张11个月双倍工资差额（以月均工资为基数），但此与违法辞退赔偿属不同请求，需分开主张。

4. 员工维权步骤与证据收集

   • 固定辞退证据：要求工厂出具书面辞退通知，或通过录音、聊天记录等证明辞退事实。
     
   • 核算工资明细：收集工资条、银行流水等，证明底薪和加班费的具体金额。
     
   • 申请劳动仲裁：自知道被辞退之日起一年内，向工厂所在地劳动仲裁委提交仲裁申请，主张违法辞退赔偿金、未付工资等。
     
   • 诉讼救济：若对仲裁结果不服，可在15日内向法院起诉。

提示：若工厂以“严重违纪”“不能胜任工作”等合法理由辞退，但未提供充分证据（如规章制度、考核记录等），仍可能被认定为违法辞退。建议根据具体辞退理由和证据情况，进一步分析维权策略。如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节。