特别约定是否属于格式条款，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

格式条款的定义与特征

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十六条的规定，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。格式条款具有以下特征：

1. 预先拟定性：格式条款是由一方当事人在合同订立前预先拟定的，而非在双方协商过程中形成的。
2. 重复使用性：格式条款的拟定方通常是为了重复使用而拟定的，以节省交易成本和时间。
3. 未协商性：格式条款在订立合同时，未与对方进行协商，对方只能表示全部接受或者不接受。

特别约定的性质

特别约定，通常是指在合同中，双方当事人针对特定事项或情况，经过协商后达成的具有特定内容的条款。这些条款往往是为了满足双方当事人的特殊需求或解决特定问题而设定的。

1. 协商性：特别约定是双方当事人在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的。这与格式条款的“未协商性”特征形成鲜明对比。
2. 特定性：特别约定通常针对特定事项或情况，具有特定的内容和目的。而格式条款则更注重通用性和重复使用性。

特别约定是否构成格式条款的判断标准

1. 是否经过协商：如果特别约定是双方当事人在合同订立过程中，经过充分协商后达成的，那么它就不构成格式条款。因为格式条款的一个重要特征就是未与对方协商。
2. 是否重复使用：如果特别约定是针对特定事项或情况，且不具有重复使用的性质，那么它也不构成格式条款。格式条款通常是为了重复使用而拟定的。
3. 条款内容：即使某些条款在形式上看起来像是预先拟定的，但如果它们实际上是根据双方当事人的协商和特定需求而制定的，那么这些条款也不应被视为格式条款。

实际应用中的注意事项

1. 合同审查：在签订合同时，双方当事人应仔细审查合同条款，特别是那些看似预先拟定的条款。如果发现某些条款未经协商或具有重复使用的性质，应警惕其可能构成格式条款，并考虑是否接受这些条款。
2. 协商记录：为了证明特别约定是经过协商达成的，双方当事人可以保留协商过程中的记录，如邮件、聊天记录等。这些记录可以作为证明特别约定非格式条款的有力证据。
3. 法律咨询：如果双方对特别约定是否构成格式条款存在争议，可以寻求专业律师的法律咨询。律师可以根据具体情况和法律规定，为双方提供准确的法律意见和建议。

总结来说，特别约定是否属于格式条款，需根据其是否经过协商、是否具有重复使用性以及条款内容等因素进行综合判断。如果你在合同纠纷中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和建议。