结论：在停工留薪期工伤认定未出之前，公司按病假扣工资，之后补发的做法是否合法，需分情况讨论。
分析：
若最终被认定为工伤：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，一旦被认定为工伤，停工留薪期内的工资应全额发放，不应按病假扣减。
- 如果公司在工伤认定未出之前按病假扣了工资，之后在工伤认定后应补发这部分扣减的工资。若公司未补发，则构成违法行为，职工有权要求公司补发，并可能通过法律途径维护自己的权益。
若最终未被认定为工伤：
- 如果经过调查，职工的伤害或疾病并未被认定为工伤，那么公司之前按病假扣工资的做法可能就不存在违法问题。因为在此情况下，职工并不享受停工留薪期的待遇，公司有权按照病假规定处理工资问题。
- 但即便如此，公司也应确保病假工资的支付符合相关法律法规的规定，如不得低于当地最低工资标准的80%等。
建议：
- 对于职工：在工伤认定未出之前，应保留好相关证据，如医疗证明、工伤事故报告等，以便在需要时证明自己的权益。如果公司扣减了工资，且最终被认定为工伤，应要求公司补发扣减的工资。
- 对于公司：在处理类似情况时，应谨慎行事，确保在工伤认定未出之前不随意扣减职工工资。如果确实需要扣减，应事先与职工沟通并达成一致，或者在合同中明确相关条款。同时，公司也应密切关注工伤认定的进展，一旦认定结果出来，应及时调整工资支付方式。
后续行动：
- 如果您或您的同事遇到了类似情况，且对公司的做法有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。
- 同时，您也可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。