针对您提出的问题“发生工伤停工留薪延长申请未通过，单位按病假开资合法吗”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确工伤与病假的性质是不同的。工伤是因工作原因遭受事故伤害或者患职业病，职工为履行工作职责付出了身体代价；而病假则是职工因自身患病或非因工负伤需要休息治疗。因此，两者在工资待遇上应有所区别。

根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。这意味着，在停工留薪期内，单位应按照职工的原工资福利待遇进行支付，而不能按照病假工资标准发放。

对于您提到的“停工留薪延长申请未通过”的情况，即使申请未通过，单位也不能因此将工伤期间的工资待遇降为病假工资。因为工伤期间的工资待遇是受到法律保护的，单位应严格按照法律规定执行。

如果单位确实按照病假工资标准发放了工伤期间的工资，那么这是不合法的行为，侵害了职工的合法权益。职工可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益，要求单位按照原工资福利待遇进行补发。

综上所述，发生工伤停工留薪延长申请未通过时，单位按病假开资是不合法的。单位应严格按照法律规定，在职工工伤期间按照原工资福利待遇发放工资。如果权益受到侵害，职工可以依法维权。