结论：部门不在了且您不想调岗的情况下，离职可以协商为非员工原因离职，但具体能否实现取决于与公司的协商结果以及相关法律法规的适用。

详细分析：

1. 协商离职的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除可以基于双方协商一致。这意味着，如果您与公司就离职原因和条件达成一致，可以协商为非员工原因离职。

2. 部门撤销与调岗：

   • 当公司部门撤销时，公司可能会提出调岗方案。如果您不想接受调岗，有权拒绝，并可以与公司协商离职事宜。
   • 在协商过程中，您可以明确表达离职的意愿，并希望离职原因不被归咎于您个人，而是由于公司部门撤销等客观原因。

3. 协商离职的注意事项：

   • 协商内容：在协商过程中，应明确离职原因、离职时间、经济补偿等关键条款。确保这些条款在离职协议中清晰表述，以避免后续纠纷。
   • 书面协议：务必要求公司出具书面的离职协议，并双方签字盖章。这是保障您权益的重要法律文件。
   • 经济补偿：根据《劳动合同法》的规定，如果公司提出解除劳动合同，应当向您支付经济补偿。在协商离职时，也可以就经济补偿进行协商，并明确在离职协议中。

4. 可能面临的法律后果：

   • 如果公司不同意协商为非员工原因离职，或者拒绝支付经济补偿，您可能需要考虑通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。
   • 在劳动仲裁过程中，您需要提供相关证据来证明自己的主张，如离职协议、公司部门撤销的通知等。

建议：

• 在与公司协商离职时，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和期望。
• 咨询专业律师（如我）的意见，以确保自己的权益得到充分保障。我可以根据您的具体情况，提供更详细的法律建议和指导。
• 如果协商无果，及时考虑通过劳动仲裁等法律途径来解决问题。在此过程中，务必保留好相关证据，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。

如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。