结论：科教用途的划拨土地合作建设后以股权转让的合法性，需根据具体情况判断，主要涉及土地使用权性质、合作建设协议内容、股权转让方式及是否符合相关法律法规和政策要求。

分析：

1. 土地使用权性质：

   • 划拨土地使用权通常用于公益事业或国家重点扶持的项目，如科教、医疗等。这种土地使用权在转让、出租、抵押等方面受到严格限制。
   • 若合作建设后，土地使用权性质未发生改变，仍为划拨土地，则股权转让可能涉及土地使用权的间接转让，需符合划拨土地转让的相关规定。

2. 合作建设协议内容：

   • 合作建设协议应明确双方的权利义务，包括土地使用权的归属、使用期限、建设内容、收益分配等。
   • 若协议中明确约定了股权转让的条件和方式，且该转让不违反法律法规和政策要求，则股权转让可能是合法的。

3. 股权转让方式：

   • 股权转让应遵循《公司法》等相关法律法规的规定，确保转让程序的合法性和有效性。
   • 若股权转让涉及土地使用权的间接转让，需确保该转让符合划拨土地转让的相关规定，如经过政府批准、补缴土地出让金等。

4. 相关法律法规和政策要求：

   • 根据《城市房地产管理法》等相关法律法规，划拨土地使用权在转让时需满足一定条件，如经过政府批准、补缴土地出让金、改变土地用途等。
   • 此外，还需关注当地政府对划拨土地转让的具体政策和规定，以确保股权转让的合法性。

具体建议：

• 审查合作建设协议：仔细审查合作建设协议，明确双方的权利义务和股权转让的条件和方式。
• 咨询政府相关部门：在股权转让前，咨询当地政府土地管理部门或规划部门，了解划拨土地转让的具体政策和要求。
• 确保合规性：确保股权转让程序符合《公司法》等相关法律法规的规定，同时确保土地使用权的转让符合划拨土地转让的相关规定。
• 考虑补缴土地出让金：若股权转让涉及土地使用权的间接转让，且当地政策要求补缴土地出让金，则需在转让前完成补缴手续。

可能的风险：

• 若股权转让未经过政府批准或未补缴土地出让金，可能面临土地使用权被收回、罚款等法律风险。
• 若合作建设协议中未明确约定股权转让的条件和方式，可能引发双方之间的纠纷和诉讼。

总结：科教用途的划拨土地合作建设后以股权转让的合法性需根据具体情况判断。在股权转让前，应仔细审查合作建设协议、咨询政府相关部门、确保合规性并考虑补缴土地出让金等事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。