结论：员工下班时间脑出血昏迷三个月，公司是否应发工资不能一概而论，需分情况讨论。
- 若脑出血被认定为工伤
- 法律依据：根据《工伤保险条例》规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
- 具体分析：如果员工下班时间脑出血是由于工作原因导致的，例如工作强度过大、工作环境恶劣等因素引发，被社会保险行政部门认定为工伤，那么在停工留薪期内，公司应当按照员工原工资福利待遇按月支付工资。这里的原工资福利待遇，通常是指员工受伤前12个月的平均工资。
- 若脑出血未被认定为工伤
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。不过对于员工因自身疾病导致昏迷这种特殊情况，并没有直接明确的法律规定。
- 具体分析：
- 短期情况：如果员工昏迷时间较短，比如只是几天或者十几天，从人道主义和员工关系管理角度，公司可能会按照一定标准支付一定期限的工资，但这并非法律强制要求。
- 长期情况：对于员工昏迷三个月这种较长时间的情况，如果员工没有提供正常劳动，公司一般可以按照当地最低工资标准的一定比例（如70% - 80%等，具体比例可能因公司规章制度或地方政策而异）支付生活费，而不是全额工资。但如果公司出于关怀员工等考虑，自愿全额支付工资也是可以的。
如果遇到此类情况，建议先申请工伤认定，以明确公司是否需要按照工伤标准支付工资。若对工资支付等问题存在争议，可以收集相关证据，如劳动合同、工资条、医疗证明等，通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。