结论：小型生鲜超市在签订劳动合同时，一般不主动查询员工案底，但特定岗位或行业要求下可能进行背景调查。以下从法律、实践及例外情形三个角度详细分析：

一、法律层面：无强制查询义务，但有限制性规定

1. 一般岗位无查询权
   根据《劳动合同法》第八条，用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况（如健康状况、知识技能、工作经历等），但“案底”（即犯罪记录）不属于法定必须告知内容。除非法律明确规定特定岗位禁止录用有犯罪记录人员（如保安、金融从业者等），否则用人单位无权主动查询。

2. 特定岗位的例外情形
   若生鲜超市涉及食品安全管理、冷链运输等关键岗位，可能因行业监管要求（如《食品安全法》第一百三十五条）需查询员工犯罪记录。但此类查询需通过公安机关或司法部门进行，超市自身无直接查询权限，且需以“岗位必要性”为前提。

二、实践层面：小型超市通常不主动查询

1. 成本与效率考量
   小型生鲜超市因规模有限，通常不会投入资源进行背景调查，尤其是针对基层岗位（如收银员、理货员）。招聘时更关注工作经验、健康状况等实用信息。

2. 入职流程简化
   实践中，超市多通过面试、身份证核验、健康证检查等流程完成入职审查，犯罪记录查询并非常规环节。即使员工隐瞒案底，超市也难以主动发现。

三、例外情形：员工主动告知或后续发现

1. 员工如实告知义务
   若员工曾被追究刑事责任，根据《刑法》第一百条，在入伍、就业时应如实报告，但未规定未报告的法律后果。若超市因员工隐瞒案底遭受损失（如因员工盗窃导致财产损失），可依据《劳动合同法》第二十六条主张合同无效或要求赔偿。

2. 超市后续发现的处理
   若超市在合同履行期间发现员工有未告知的犯罪记录，需区分岗位性质：

   • 一般岗位：超市无权直接解除合同，但可协商调岗或培训；
     
   • 特定岗位（如涉及食品安全）：超市可依据《劳动合同法》第三十九条（“被依法追究刑事责任”）解除合同，且无需支付经济补偿。

法律建议

1. 对超市：

   • 明确岗位招聘要求，对需查询犯罪记录的岗位（如冷链管理）在招聘公告中注明；
     
   • 通过合法途径（如委托第三方机构）进行背景调查，避免侵犯隐私权；
     
   • 在劳动合同中约定“员工隐瞒犯罪记录的违约责任”，降低风险。

2. 对劳动者：

   • 若曾有犯罪记录，建议主动告知与岗位直接相关的信息，避免后续纠纷；
     
   • 关注超市招聘公告中的岗位限制，避免因隐瞒导致合同无效。

如有进一步疑问（如具体岗位是否需查询案底、合同条款设计等），可直接向我咨询。