结论：店铺员工使用私人收款码是否违法，需视具体情况而定，可能涉及职务侵占、挪用资金等违法行为，并由公安机关或公司内部管理机构进行管理。
详细分析：
违法性分析：
- 职务侵占：如果员工利用职务上的便利，将店铺的资金通过私人收款码非法占为己有，且数额较大，可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 挪用资金：如果员工将店铺的资金通过私人收款码暂时挪用，用于个人用途，且数额较大、超过三个月未还，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动，或者进行非法活动，可能构成挪用资金罪。
- 其他违法行为：如果员工使用私人收款码的行为还涉及其他违法行为，如诈骗、洗钱等，也将受到相应的法律制裁。
管理机构分析：
- 公安机关：如果员工使用私人收款码的行为涉嫌犯罪，如职务侵占、挪用资金等，店铺或相关权利人可以向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
- 公司内部管理机构：对于员工使用私人收款码的行为，如果尚未构成犯罪，但违反了公司的规章制度或劳动合同，公司可以依据内部管理规定进行处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
建议措施：
- 加强内部管理：店铺应建立健全的财务管理制度，明确收款流程，禁止员工使用私人收款码进行收款。同时，加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。
- 及时报案处理：如果发现员工使用私人收款码的行为涉嫌犯罪，店铺或相关权利人应及时向公安机关报案，并配合公安机关进行调查取证工作。
- 寻求法律帮助：如果店铺在处理员工使用私人收款码的问题上遇到法律难题或需要法律支持，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
后续行动建议：
- 店铺应定期对财务情况进行审计和检查，及时发现并纠正员工使用私人收款码等违规行为。
- 如果员工的行为已经给店铺造成了经济损失，店铺可以考虑通过法律途径追究员工的赔偿责任。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。