结论：公司经营给别人商店办理收款码是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论。
合法情况：
- 正规代理或合作：如果公司是作为正规的支付服务代理商或与支付机构有合法合作，为商店提供收款码办理服务，并且遵循了相关的法律法规和支付机构的规定，那么这种行为是合法的。例如，公司可能作为支付宝、微信支付等支付平台的代理商，为商家提供收款码的申请和设置服务。
- 商家自愿且知情：在办理收款码的过程中，如果商店是自愿的，并且对收款码的使用、费用等相关事项有充分的了解，那么这种行为也是合法的。
违法情况：
- 未经授权或欺诈行为：如果公司未经支付机构授权，擅自以支付机构的名义为商店办理收款码，或者通过欺诈手段（如虚假宣传、冒充支付机构工作人员等）诱导商店办理收款码，那么这种行为是违法的。这可能构成欺诈、非法经营等违法行为。
- 违反支付机构规定：即使公司是支付机构的代理商或合作伙伴，但如果违反了支付机构的相关规定（如未经允许擅自提高手续费、泄露商家信息等），也可能面临法律责任。
- 涉及洗钱等非法活动：如果公司利用为商店办理收款码的机会，协助商家进行洗钱、逃税等非法活动，那么这种行为更是严重违法，将受到法律的严厉制裁。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国支付结算办法》、《非金融机构支付服务管理办法》等相关法律法规，支付服务提供者需要获得相应的支付业务许可证，并遵守相关的监管规定。同时，任何单位和个人不得从事非法支付结算业务，不得利用支付结算工具进行违法犯罪活动。
- 建议：
- 合规经营：如果公司打算为商店提供收款码办理服务，应确保自己具备合法的资质和授权，并遵守相关的法律法规和支付机构的规定。
- 商家教育：在办理收款码的过程中，应向商店充分说明收款码的使用、费用等相关事项，确保商店是自愿且知情的。
- 风险防控：公司应建立完善的风险防控机制，防止被不法分子利用进行洗钱、逃税等非法活动。
可能法律后果：
- 如果公司未经授权或违反规定为商店办理收款码，可能面临支付机构的处罚（如取消代理资格、罚款等），甚至可能受到行政处罚（如罚款、没收违法所得等）或刑事处罚（如构成非法经营罪、洗钱罪等）。
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