结论：新晋升职级不满一年跨地区跨部门转任受阻，但转任理由是夫妻异地分居的情况下，是否可以协调取决于多个因素，包括单位的具体规定、转任政策的灵活性以及个人与单位的沟通情况等。以下是从不同角度进行的分析：
一、单位规定与转任政策
单位内部规定：
- 首先，需要查阅所在单位或部门关于转任的具体规定。不同单位对于转任的条件、程序以及时间限制等可能有不同的要求。
- 如果单位规定中明确提到了新晋升职级不满一定年限不得转任，那么这一规定将成为转任的主要障碍。但规定也可能包含例外情况，如家庭特殊困难等，可以申请特殊处理。
转任政策灵活性：
- 除了单位内部规定外，还需要考虑转任政策的整体灵活性。有些单位或部门在转任政策上可能相对宽松，允许在特定情况下（如夫妻异地分居）进行特殊处理。
- 如果政策允许，那么可以尝试与单位沟通，说明夫妻异地分居的实际情况，并申请转任。
二、个人与单位的沟通
沟通的重要性：
- 在面对转任受阻的情况时，与单位进行积极、有效的沟通是至关重要的。通过沟通，可以了解单位的具体要求和考虑因素，同时也可以表达自己的诉求和困难。
沟通策略：
- 在沟通时，可以准备充分的材料来证明夫妻异地分居的实际情况，如居住证明、工作证明等。
- 同时，也可以提出合理的解决方案，如暂时调整工作岗位、安排远程工作等，以减轻单位对转任的顾虑。
三、法律与政策依据
相关法律法规：
- 虽然直接针对转任的法律法规可能较少，但可以参考《中华人民共和国公务员法》等相关法律法规中关于公务员调动、转任的规定，以及单位内部的人事管理制度。
- 这些法律法规和制度可能间接影响到转任的可行性和程序。
政策导向：
- 关注国家和地方关于人才流动、公务员管理等方面的政策导向。如果政策鼓励人才流动或支持解决公务员家庭困难，那么这可能为转任提供有利的政策环境。
四、实际操作建议
了解具体情况：
- 首先，需要详细了解单位关于转任的具体规定和政策，以及新晋升职级不满一年转任的具体限制。
积极沟通协商：
- 与单位人事部门或相关领导进行积极沟通，说明夫妻异地分居的实际情况和转任的必要性。
- 尝试提出合理的解决方案或妥协方案，以增加转任的可能性。
寻求外部支持：
- 如果内部沟通无果，可以考虑寻求上级部门或相关机构的支持和帮助，如向单位的主管部门或人事争议仲裁机构反映情况。
最后，新晋升职级不满一年跨地区跨部门转任受阻但转任理由是夫妻异地分居的情况下，是否可以协调并没有一个确定的答案。它取决于单位的具体规定、转任政策的灵活性以及个人与单位的沟通情况等多个因素。因此，建议你首先了解清楚单位的相关规定和政策，然后积极与单位进行沟通协商，并尝试提出合理的解决方案。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。