结论：上班抽烟被抓扣2000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 公司有权根据自身的经营需要和管理要求，制定内部的规章制度，包括对于员工行为的规范和奖惩措施。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了上班抽烟属于违纪行为，并且规定了相应的罚款金额（如2000元），且该规章制度已经通过合法程序（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定并公示，那么公司依据规章制度对员工进行罚款，在程序上是合法的。
   • 但需注意：罚款金额应当合理，不能过分高于员工因违纪行为给公司造成的损失，否则可能因显失公平而被认定为无效。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
   • 同时，这些法律法规也保护劳动者的合法权益，禁止用人单位滥用权利对劳动者进行不合理的处罚。
   • 关键点：虽然法律法规没有直接规定上班抽烟不能罚款或罚款的具体金额，但要求罚款必须合理且符合公司规章制度。如果罚款金额过高或公司规章制度制定程序不合法，那么罚款行为可能违法。

3. 实际操作的角度：

   • 在实际操作中，如果员工认为公司的罚款行为不合法或不合理，可以先与公司进行协商，要求撤销或调整罚款。
   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

建议：

• 对于员工而言，应当遵守公司的规章制度，避免违纪行为的发生。如果认为公司的罚款行为不合法或不合理，应当及时寻求法律援助或咨询专业律师。
• 对于公司而言，应当制定合法、合理的规章制度，并确保规章制度的制定程序合法、公示到位。在处罚员工时，应当遵循公平、公正、合理的原则，避免过度处罚或滥用权利。

额外说明：

• 如果公司规章制度中未规定上班抽烟的罚款金额，或者规定的金额与实际罚款金额不符，那么公司不能随意对员工进行罚款。
• 另外，即使公司规章制度中有相关规定，但如果罚款金额过高（如明显超过员工月工资的20%），也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。在这种情况下，员工有权拒绝支付过高的罚款，并可以向相关部门投诉或申请劳动仲裁。

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