针对您提出的“抽烟被单位内部罚款是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下，公司对抽烟员工进行罚款是不合法的
法律层面分析：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律主要强调用人单位应依法支付劳动者劳动报酬，并保障劳动者的合法权益。罚款属于对公民财产权的一种剥夺，而公司作为非行政执法机关，一般无权对员工实施罚款行为。
具体法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资，这意味着企业不能随意以罚款形式扣减员工工资。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也明确规定了行政处罚的设定和实施必须以事实为依据，且必须公布。企业作为非行政机关，不具备行政处罚权，因此不能对员工进行罚款等行政处罚。
二、特定情形下，公司对违规抽烟员工进行经济处罚可能具有一定合理性
有合法依据的情况：
- 如果公司在制定规章制度时，明确规定了禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定了相应的违规处罚措施。
- 该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者进行了公示或者告知。
罚款性质与金额的限制：
- 在这种情况下，员工违反规定在禁止吸烟区域吸烟，公司按照规章制度进行的经济处罚，其性质更倾向于一种违约责任的承担方式，即员工违反了与公司之间的约定，需要承担相应的经济责任。
- 罚款金额应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。例如，若公司规定在公司院子里抽烟罚款1000元，这一金额是否合理，需结合当地最低工资标准、公司实际损失以及罚款与违纪行为的关联性等因素进行综合判断。
三、员工权益保护建议
- 员工应仔细了解公司规章制度，确保公司罚款行为是否符合规章制度中的规定。
- 如认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，员工可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。
- 若公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定理由。然而，这种处罚应谨慎使用，并确保其合理性和合法性。员工在面对公司罚款时，应了解自己的权益并采取相应的保护措施。