结论：公司出钱让你考取证件，在你做满三年离职时公司扣押证件的行为是不合法的，你可以进行投诉。
法律背景与解释：
证件所有权：
- 你通过公司资助考取的证件，其所有权应归属于你个人。公司虽然支付了考试费用，但这并不改变证件作为你个人职业资格证明的本质属性。
公司行为性质：
- 公司扣押你的证件，可能构成对你个人财产权的侵犯。证件是你个人能力和资格的证明，你有权自由支配和使用。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得扣押劳动者证件作为担保或者以其他名义向劳动者收取财物。公司扣押你的证件，违反了这一法律规定。
法律建议：
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行协商，明确表达你的诉求，即要求公司归还被扣押的证件。在协商过程中，你可以引用相关法律法规，增强你的说服力。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，包括责令公司归还被扣押的证件。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，你可以考虑申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并可能要求公司承担相应的法律责任。
可能后果：
- 如果公司被认定存在违法行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款等。
- 同时，公司可能需要承担因扣押证件给你造成的经济损失，如因无法及时使用证件而错失的工作机会等。
进一步行动建议：
- 在采取任何行动之前，建议你先收集相关证据，如公司扣押证件的证明、你与公司之间的沟通记录等。
- 如果你对法律程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保护。
如果你有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。