结论前置：离职时能否就3年前公司的不合法扣工资进行维权，这主要取决于是否超过了法律规定的诉讼时效期间。若未超过，则可以维权；若已超过，则可能面临败诉风险。以下是对此问题的详细分析：

一、诉讼时效期间的规定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。但是，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”

1. 一般情况：对于一般的劳动争议，如不合法扣工资等，劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
2. 特殊情况：若争议发生在劳动关系存续期间，且涉及拖欠劳动报酬（包括不合法扣工资导致的报酬减少），则不受上述一年时效期间的限制。但一旦劳动关系终止，劳动者应在终止之日起一年内提出仲裁申请。

二、针对您情况的具体分析

1. 若劳动关系仍在存续期间：

   • 您有权随时就公司的不合法扣工资行为提出仲裁申请，不受一年时效期间的限制。

2. 若劳动关系已终止：

   • 您需要在劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。若您离职时已超过这一期限，则可能面临败诉风险，因为仲裁机构或法院可能会以超过诉讼时效为由驳回您的申请。

三、维权建议

1. 收集证据：

   • 在提出仲裁申请前，务必收集好相关证据，如工资条、扣款通知、劳动合同等，以证明公司存在不合法扣工资的行为。

2. 及时提出申请：

   • 若您决定维权，应尽快向当地劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以免超过诉讼时效期间。

3. 寻求法律帮助：

   • 在维权过程中，若遇到法律难题或需要专业指导，可以随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供有针对性的法律建议和帮助。

四、可能的法律后果

1. 若未超过诉讼时效：

   • 仲裁机构或法院可能会支持您的诉求，要求公司返还被不合法扣除的工资，并可能要求公司支付相应的赔偿或利息。

2. 若已超过诉讼时效：

   • 仲裁机构或法院可能会以超过诉讼时效为由驳回您的申请，您将无法通过法律途径追回被不合法扣除的工资。

总结与进一步思考：离职时能否就3年前公司的不合法扣工资进行维权，关键在于是否超过了法律规定的诉讼时效期间。因此，在决定维权前，请务必仔细评估自己的情况，并尽快采取行动。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。