企业私自变更工资结构发放、克扣绩效和相关费用，主要违反了《中华人民共和国劳动合同法》以及《中华人民共和国劳动法》中的相关规定，具体分析如下：
关于工资支付与变更：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。企业私自变更工资结构，若未经劳动者同意，且导致劳动者工资减少，尤其是克扣了绩效工资或其他相关费用，这明显违反了该条款的规定。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且变更应采用书面形式。这意味着，企业若想变更工资结构，必须与劳动者协商一致，并签订书面协议。未经协商一致擅自变更，是违法的。
关于绩效考核与工资扣除：
- 原则上，用人单位不得对员工工资进行扣罚，除非双方在劳动合同中有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。如果企业以绩效考核为名克扣工资，但并未在劳动合同中明确约定，或者约定的扣除方式、比例等违反了法律法规，那么这种扣除行为是不合法的。
- 此外，即使劳动合同中有关于绩效考核扣除工资的约定，扣除的金额也不得超过法定限度。例如，如果员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
关于最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，企业在扣除绩效工资或其他相关费用后，支付给劳动者的工资仍应不低于当地最低工资标准。如果低于这个标准，企业就违反了法律法规。
针对企业私自变更工资结构发放、克扣绩效和相关费用的行为，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与公司协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行协商，要求公司恢复原来的工资结构，或者按照劳动合同的约定支付工资。在协商过程中，劳动者可以引用相关法律法规来支持自己的主张。
- 申请调解或仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请调解、仲裁。劳动监察部门有权对企业的违法行为进行调查和处理，调解或仲裁机构也可以根据事实和法律法规作出公正的裁决。
- 提起诉讼：如果经过调解或仲裁后，公司仍然未改正违法行为，劳动者可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，劳动者需要提供相关证据来证明自己的诉求，并请求法院依法判决公司支付应得的工资及可能的赔偿金。
总结来说，企业私自变更工资结构发放、克扣绩效和相关费用是违法的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的权益。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。