用人单位用多个单位发工资，这一行为本身并不直接违法，但需要满足一定的条件且不能存在逃避法律义务的情形。以下从不同角度为你详细分析：
合法情形
存在关联关系或合理业务安排
- 如果多个发工资的单位之间存在关联关系，比如是母子公司、总分机构等，且这种发放工资的方式是基于合理的业务安排或内部管理需要，同时能够清晰地核算每个员工的工资构成、社保缴纳等情况，那么这种发放方式通常是合法的。
- 例子：某大型企业集团，旗下有多个子公司，员工可能在不同子公司间流动工作。为了方便管理，集团决定由各个子公司根据员工实际工作情况分别发放工资，但整体上员工的工资总额、社保缴纳等都能按照法律规定进行，这种情况下就是合法的。
经员工同意且不损害员工权益
- 如果用人单位与员工经过协商，员工同意由多个单位发放工资，并且这种发放方式没有损害员工的合法权益，如工资总额不变、社保缴纳正常等，那么也是可以的。
- 例子：某员工在一家企业工作，同时该企业与其关联企业有合作项目，员工也参与了部分关联企业的工作。经与员工协商，企业决定由本企业和关联企业分别按照员工的工作量发放工资，员工表示同意，且整体工资水平没有降低，社保等福利待遇也正常享受，这种情况下就是合法的。
违法情形
- 逃避社保缴纳等法律义务
- 如果用人单位通过多个单位发放工资的方式，故意隐瞒员工的实际工资水平，从而逃避社保缴纳等法律义务，那么这种行为就是违法的。
- 例子：某企业为了降低社保缴纳基数，将员工的高工资拆分成多个部分，分别由不同的关联企业发放，但实际上这些工资都是员工应得的劳动报酬。这种行为就违反了《社会保险法》等相关法律规定，企业需要承担相应的法律责任。
- 未依法代扣代缴个人所得税
- 用人单位有义务依法代扣代缴员工的个人所得税。如果通过多个单位发放工资的方式，故意隐瞒或虚报员工的收入情况，导致个人所得税缴纳不足，那么也是违法的。
- 例子：某员工实际月工资为2万元，但企业将其工资拆分成多个部分，分别由不同的单位发放，并在发放时故意少报收入，导致员工个人所得税缴纳不足。这种行为就违反了《个人所得税法》等相关法律规定。
法律建议
对于员工
- 如果发现用人单位通过多个单位发放工资的方式存在违法行为，如逃避社保缴纳、未依法代扣代缴个人所得税等，可以向当地劳动监察部门或税务部门投诉举报，维护自己的合法权益。
- 在与用人单位签订劳动合同时，可以明确约定工资的发放方式、社保缴纳等事项，以避免后续产生纠纷。
对于用人单位
- 如果确实需要采用多个单位发放工资的方式，应当确保这种方式的合法性，如与员工协商一致、确保工资总额和社保缴纳等不受影响等。
- 加强对工资发放和社保缴纳等事项的管理，确保符合相关法律法规的规定，避免产生法律风险。
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