核心结论：若公司已支付款项但包工头仍不发工资，劳动者可采取以下措施维护自身权益：

1. 收集证据，明确责任主体
   首先需证明“公司已支付款项”及“包工头未发放工资”的事实。关键证据包括：

   • 公司与包工头的工程款支付凭证（如转账记录、收据）；
     
   • 劳动者与包工头的劳动关系证明（如劳动合同、考勤记录、工作证、工友证言）；
     
   • 工资未发放的证据（如工资条、微信聊天记录、录音等）。
     法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》第三十条，分包单位（包工头）未按月支付工资的，由施工总承包单位（公司）先行清偿，再追偿。若公司已支付工程款，包工头仍拖欠工资，劳动者可直接要求公司承担连带责任。

2. 向公司主张权利
   若公司未尽到监管义务（如未监督包工头发放工资），劳动者可要求公司直接支付工资。

   • 操作步骤：
     
     1. 向公司提交书面催告函，附上证据材料，要求公司支付工资；
        
     2. 若公司拒绝，可向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），劳动监察部门会介入调查并责令公司或包工头支付；
        
     3. 若投诉无果，可申请劳动仲裁（需提交仲裁申请书、证据材料），仲裁裁决后公司仍不履行的，可申请法院强制执行。
        注意：若劳动者与公司无直接劳动关系（如仅与包工头签订协议），仍可依据《保障农民工工资支付条例》要求公司承担先行清偿责任。

3. 追究包工头的法律责任
   包工头拖欠工资可能涉及民事侵权或行政违法，严重者可能构成刑事犯罪（拒不支付劳动报酬罪）。

   • 民事途径：向法院起诉包工头，要求支付工资及赔偿金（如因拖欠工资导致的误工费、交通费等）；
     
   • 行政途径：向劳动监察部门举报包工头违法行为，劳动监察部门可对其处以罚款、列入失信名单等；
     
   • 刑事途径：若包工头逃避支付工资数额较大（如超过5000元），经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成《刑法》第二百七十六条之一的拒不支付劳动报酬罪，可处三年以下有期徒刑或拘役。

4. 特殊情形处理

   • 若公司未支付工程款：劳动者可同时要求公司和包工头支付工资，公司需在未支付的工程款范围内承担责任；
     
   • 若包工头失联或跑路：劳动者可向法院申请宣告包工头为失踪人，要求其财产代管人支付工资，或直接起诉包工头的配偶（若工资属于夫妻共同债务）。

建议：优先通过劳动监察部门或仲裁解决，效率较高；若涉及金额较大或包工头拒不配合，建议委托律师介入，通过诉讼或刑事报案维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。