结论：员工在休息时间发生交通事故且对方全责的情况下，公司一般不可以因此不发工资。但具体是否发放工资，还需根据员工与公司的劳动合同、公司规章制度以及事故对员工工作的影响程度等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工在休息时间发生非工作相关事故时，公司仍需支付工资，那么公司应当遵守合同约定，继续支付工资。
- 如果劳动合同中没有明确规定，或者规定较为模糊，那么需要参考公司规章制度以及相关法律法规。
公司规章制度：
- 公司规章制度中可能包含关于员工请假、工伤、病假等方面的规定。如果规章制度中明确规定了员工在休息时间发生交通事故且非自身原因（如对方全责）时，公司应支付工资或提供相应福利，那么公司应当遵守。
- 如果规章制度中没有相关规定，或者规定与法律法规相冲突，那么应以法律法规为准。
二、从法律法规的角度
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。员工在休息时间发生交通事故，并不属于公司可以扣除工资的法定情形。
- 除非员工因交通事故导致无法正常工作，且符合公司规章制度或法律法规中规定的请假、病假等情形，公司才可以根据规定扣除相应工资或提供病假工资。但在此案例中，员工是休息时间发生事故，且对方全责，通常不影响其正常工作（除非事故导致严重伤害无法工作），因此公司不应因此不发工资。
工伤认定与待遇：
- 如果员工在上下班途中发生交通事故，且非自身主要责任，根据《工伤保险条例》的规定，可能被认定为工伤。但此案例中员工是在休息时间发生事故，通常不构成工伤。
- 然而，即使不构成工伤，公司也不应因此剥夺员工的工资支付权利。除非员工因事故导致无法工作，且符合请假或病假条件，公司才可以根据规定处理。
三、从实际操作的建议角度
与公司沟通：
- 员工可以与公司人力资源部门或上级领导进行沟通，说明事故情况、责任划分以及自身工作状况，要求公司继续支付工资。
- 如果公司拒绝支付工资，员工可以要求公司出具书面说明或拒绝支付工资的依据，以便后续维权。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在此过程中，员工可以咨询专业律师（如我，付恒勇律师，专注于刑事辩护、交通事故、经济纠纷、婚姻家庭领域），获取更具体的法律建议和帮助。
总结与建议：员工在休息时间发生交通事故且对方全责的情况下，公司一般不可以因此不发工资。员工应首先与公司沟通说明情况并要求支付工资；如果公司拒绝支付，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。