结论：公司不能因员工在交通事故中承担全责并赔偿对方损失后而不发工资。员工在交通事故中的责任与公司的工资支付义务是两个独立的法律关系，公司应依法支付工资。
分析如下：
交通事故责任与工资支付义务的独立性：
- 员工在交通事故中承担全责并赔偿对方损失，这是员工与第三方之间的民事法律关系，与员工和公司之间的劳动关系是两个独立的法律关系。
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司有义务按照劳动合同的约定和国家规定，向员工及时足额支付劳动报酬。这一义务不因员工在交通事故中的责任而免除。
公司不发工资的违法性：
- 如果公司因员工在交通事故中承担全责而拒绝支付工资，这构成了对员工劳动权益的侵犯，违反了劳动法律法规的规定。
- 员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司支付拖欠的工资，并可能因此获得相应的经济补偿或赔偿。
员工应如何维护自身权益：
- 员工应首先与公司进行沟通，明确要求公司按照劳动合同的约定支付工资。
- 如果公司拒绝支付，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，并提供相关证据（如劳动合同、工资条、交通事故责任认定书等）以支持自己的主张。
- 在必要时，员工还可以通过法律途径（如提起劳动仲裁或诉讼）来维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果员工因交通事故被追究刑事责任（如交通肇事罪），且因此被依法限制人身自由（如拘留、逮捕等），导致无法正常履行工作职责，公司可能会根据劳动合同的约定或相关法律法规的规定，暂时停止支付工资或调整工资支付方式。但这种情况下的工资支付问题需要具体分析，且公司不能因此永久性地剥夺员工的工资权益。
建议：
- 员工在遇到此类问题时，应保持冷静，及时与公司沟通并了解公司的具体态度和做法。
- 同时，员工应积极收集相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 如有需要，员工可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。