结论：员工在公司股权变更后拒绝与新公司签合同，是否能申请赔偿取决于具体情况。以下从不同角度进行分析：
一、员工通常不能申请赔偿的情况
股权变更不影响劳动合同履行
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十三条，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
- 实际情况：如果公司的股权变更后，经营管理、工作条件、员工待遇等方面均保持不变，员工的劳动合同继续正常履行，那么员工通常不能以此为由申请赔偿。因为股权变更本身并不构成劳动合同变更或解除的法定理由。
员工自愿放弃相关权益
- 如果在股权变更过程中，公司与员工进行了协商沟通，并明确告知了可能产生的影响，同时给予员工选择是否继续留任及相应补偿的权利，而员工明确表示自愿放弃补偿并继续留任，则后续一般不能再申请赔偿。
二、员工可能获得赔偿的情况
股权变更导致劳动合同无法继续履行
- 经营战略重大调整：新股东入主后对公司经营方向进行重大调整，导致原岗位被撤销或工作内容发生根本性变化，且双方无法就变更劳动合同内容达成一致。此时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第三款，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位可以解除劳动合同，并应支付经济补偿。
- 公司被合并、分立或清算：这些情况下，员工的劳动合同可能无法继续履行，员工有权要求经济补偿。
公司存在违法行为
- 未依法履行程序：如未提前通知员工、未与员工进行必要的协商沟通等，损害了员工的合法权益。
- 降低员工待遇：股权变更后，公司擅自降低员工的工资、福利、社保等待遇。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等情形，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
三、经济补偿标准
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，经济补偿通常按照员工在本单位工作的年限来计算。每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 如果劳动者月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
四、建议
面对公司股权变更，员工应密切关注公司后续动态和自身权益变化。如果认为自己的权益受到侵害，如公司未依法履行程序、降低员工待遇或导致劳动合同无法继续履行等，应及时采取措施维护自己的合法权益。你可以直接向我咨询具体的法律策略和步骤，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。
综上所述，员工在公司股权变更后拒绝与新公司签合同是否能申请赔偿，取决于股权变更是否影响了劳动合同的履行以及公司是否存在违法行为。在维护自身权益时，员工应了解相关法律法规，并咨询专业律师以获取具体的法律建议。