结论：在食品处罚条款没有明确规定没收违法所得的情况下，案件调查仍然需要查明当事人的违法所得。

分析说明：

1. 查明违法所得的必要性：

   • 即便处罚条款未明确提及没收违法所得，但查明违法所得是案件调查的重要环节。这是因为违法所得的数额往往与案件的严重性、当事人的主观恶性以及社会危害程度等密切相关。
   • 查明违法所得有助于全面、准确地评估案件情况，为后续的处罚决定提供有力依据。如果仅因处罚条款未提及没收违法所得就忽略这一环节，可能会导致处罚过轻或过重，损害法律的公正性和权威性。

2. 法律依据与原则：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在查处违法行为时，有权也有义务查明违法事实，包括违法所得的数额。这是行政机关履行职责、维护公共利益和社会秩序的必要手段。
   • 同时，查明违法所得也符合法律的基本原则，如公正、公平、合理等。通过查明违法所得，可以确保处罚决定与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应，实现法律的公正实施。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，案件调查人员应依法收集、固定相关证据，包括财务记录、交易凭证等，以准确查明违法所得的数额。
   • 如果当事人拒绝配合或提供虚假信息，调查人员可以依法采取强制措施或寻求其他法律途径来获取必要证据。

后续建议：

• 对于当事人而言，应积极配合案件调查工作，如实提供相关信息和证据。如果认为处罚决定存在不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
• 对于行政机关而言，应不断完善相关法律法规和处罚条款，明确没收违法所得等处罚措施的具体适用条件和程序。同时，加强案件调查人员的培训和管理，提高其专业素养和执法能力，确保案件调查的准确性和公正性。

特殊场景：

• 如果处罚条款确实存在漏洞或不明确之处，导致无法直接适用没收违法所得等处罚措施，行政机关可以依据相关法律法规的基本原则和精神，结合案件的具体情况，作出合理的处罚决定。在此过程中，应充分听取当事人的意见和申辩，确保处罚决定的合法性和合理性。

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