结论前置：在部分法条未规定没收违法所得，但《行政处罚法》明确提出没收的情况下，应遵循特别法与一般法的关系原则、法律位阶原则以及行政处罚的合理性原则进行处理。

1. 特别法与一般法的关系原则：

   • 当某一领域的特别法（如环保法、食品安全法等）未规定没收违法所得，而《行政处罚法》作为一般法明确规定了这一处罚种类时，若特别法没有排除一般法的适用，行政机关在符合《行政处罚法》规定条件的情况下，可以依据《行政处罚法》对违法所得进行没收。
   • 例如，在环保领域，若环保法未规定没收违法所得，但某企业确实存在通过违法行为获得利益的情况，且该行为同时违反了《行政处罚法》，则行政机关可依据《行政处罚法》的相关规定，对该企业的违法所得进行没收。

2. 法律位阶原则：

   • 《行政处罚法》作为由全国人民代表大会制定的法律，其位阶高于多数部门规章和地方性法规。因此，在处理没收违法所得的问题时，若下位法（如部门规章、地方性法规）未作规定，而上位法（《行政处罚法》）有明确规定，应优先适用上位法。
   • 但需注意，若下位法对没收违法所得有特别规定，且该规定不与上位法相抵触，则应优先适用下位法的特别规定。

3. 行政处罚的合理性原则：

   • 行政机关在实施行政处罚时，应遵循合理性原则，确保处罚的种类、幅度与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。
   • 在没收违法所得的情况下，行政机关应充分调查取证，确保没收的违法所得确实与违法行为直接相关，且没收行为不会对当事人的合法权益造成不当侵害。

具体操作建议：

• 行政机关在处理此类案件时，应首先审查相关法律法规，明确没收违法所得的法律依据。
• 若特别法未规定但《行政处罚法》有规定，且符合没收条件，行政机关可依法进行没收。
• 在没收过程中，行政机关应严格遵守法定程序，确保当事人的合法权益得到保障。
• 若对没收违法所得的合法性或合理性存在争议，当事人可通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。