针对不合格食材制作的菜品，其违法所得通常是需要没收的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，对于生产经营不符合食品安全标准的食品，除了要承担相应的民事赔偿责任外，行政机关还会依法给予行政处罚。其中，没收违法所得是常见的行政处罚措施之一。这是为了打击违法行为，维护市场秩序，保障消费者的合法权益。具体来说，如果商家使用了不合格食材制作菜品并销售，那么其通过销售这些菜品所获得的收入就属于违法所得，应当依法予以没收。

违法性质角度

使用不合格食材制作菜品，不仅违反了食品安全法律法规，还可能对消费者的身体健康造成危害。这种行为具有严重的违法性和社会危害性。为了惩处这种违法行为，防止其继续危害社会，行政机关会采取一系列行政处罚措施，包括没收违法所得、罚款、吊销许可证等。其中，没收违法所得是对商家违法行为的一种直接经济制裁，有助于剥夺其违法收益，降低其违法动机。

实际操作角度

在实际操作中，行政机关会对商家的违法行为进行调查取证，确定其违法所得的具体数额。一旦查实，就会依法作出没收违法所得的行政处罚决定。商家应当积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和资料。如果商家对行政处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果商家能够证明其使用不合格食材是出于无知或者疏忽大意，且没有造成严重后果的，行政机关可能会根据具体情况从轻或者减轻处罚。但是，这并不意味着商家可以逃避没收违法所得的处罚。只要商家存在使用不合格食材制作菜品并销售的行为，且获得了违法所得，就应当依法承担相应的法律责任。

建议：作为商家，应当严格遵守食品安全法律法规，确保所使用的食材符合安全标准。如果发现使用了不合格食材，应当立即停止销售并召回已销售的菜品，同时积极配合行政机关的调查工作。作为消费者，如果发现商家使用不合格食材制作菜品，可以向当地的市场监管部门举报，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于食品安全或侵权损害方面的法律问题，可以直接向我咨询。