针对你提出的“来源合法但不合格的食材如何处罚”的问题，首先我们要明确的是，食材虽然来源合法，但如果不合格，仍然可能涉及多个法律层面的责任和处理方式。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例，如果食材不合格，相关监管部门（如市场监督管理部门）有权对生产经营者进行行政处罚。处罚措施可能包括罚款、没收违法所得、没收不合格食材、责令停产停业、吊销许可证等。
   • 具体处罚力度会依据不合格食材的数量、性质、影响范围以及生产经营者的主观恶意等因素综合考虑。

2. 民事责任：

   • 如果因食用不合格食材导致消费者健康受损，生产经营者可能需要承担民事赔偿责任。消费者可以依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求生产经营者赔偿医疗费、误工费、精神损害抚慰金等损失。
   • 在这种情况下，消费者需要保留好购买凭证、就医记录等证据，以便在诉讼中证明自己的主张。

3. 刑事责任：

   • 如果生产经营者明知食材不合格仍然销售，且情节严重，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。例如，可能触犯生产、销售不符合安全标准的食品罪或生产、销售有毒、有害食品罪等。
   • 刑事责任的追究需要由公安机关立案侦查，并经法院审判确定。一旦构成犯罪，生产经营者将面临刑罚处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。

综上所述，来源合法但不合格的食材的处理方式涉及多个法律层面，包括行政处罚、民事责任和刑事责任。具体处理方式会根据不合格食材的具体情况以及生产经营者的行为性质而定。如果你或你的企业面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解法律责任和风险，并采取有效的应对措施。