结论：员工离职后已经签订了赔偿协议，但之后又申请劳动仲裁的，公司需根据具体情况来应对。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 赔偿协议的效力：

   • 合法有效：如果赔偿协议是双方真实意思的表示，且内容合法、不违反公序良俗，那么该协议是具有法律效力的。员工在签订后反悔并申请仲裁，公司可以依据协议内容来抗辩。
   • 存在瑕疵：如果赔偿协议存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或者协议内容显失公平（如赔偿金额过低），那么员工有权申请撤销该协议，并重新就赔偿事宜进行仲裁或诉讼。

2. 员工申请仲裁的理由：

   • 协议未履行：如果公司未按照赔偿协议的约定履行支付义务，员工有权申请仲裁要求公司履行。
   • 新诉求：员工可能基于新的理由或发现新的证据，认为除了协议约定的赔偿外，还应获得其他补偿或赔偿，因此申请仲裁。
   • 协议撤销：如前所述，如果员工认为赔偿协议存在可撤销的情形，可能会申请仲裁要求撤销协议并重新确定赔偿。

3. 公司的应对策略：

   • 审查协议：公司应首先审查赔偿协议的内容，确认其是否合法有效，以及是否已按照协议履行了支付义务。
   • 准备证据：公司应收集并整理与赔偿协议相关的所有证据，包括协议文本、支付凭证、员工签字确认的文件等，以证明协议的合法性和公司的履行情况。
   • 积极应诉：如果员工确实申请了仲裁，公司应积极应诉，根据仲裁机构的通知提交答辩状和相关证据，并在仲裁过程中充分陈述自己的观点和理由。
   • 协商解决：在仲裁过程中，公司也可以考虑与员工进行协商，寻求和解或调解的可能性，以节省时间和成本。

4. 可能的法律后果：

   • 如果协议有效且公司已履行：仲裁机构可能会驳回员工的仲裁请求，维持赔偿协议的效力。
   • 如果协议存在瑕疵或公司未履行：仲裁机构可能会根据具体情况裁决公司承担相应的赔偿责任，或者撤销赔偿协议并重新确定赔偿金额。

建议：公司在面对此类情况时，应保持冷静并积极应对。首先审查赔偿协议的合法性和履行情况，然后准备充分的证据来支持自己的观点。如果员工确实申请了仲裁，公司应积极应诉并寻求专业法律帮助，以确保自己的合法权益得到维护。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。