当员工签了离职协议后又申请仲裁时，公司应按照以下步骤来处理：

首先，公司需要仔细审查离职协议的条款。如果协议中的约定明确，且没有明显违法或显失公平等可撤销的情形，那么公司通常会尊重协议的约定。然而，如果员工能够证明在签订协议时存在重大误解、受欺诈或胁迫等情形，他们有权申请撤销协议。

接下来，仲裁机构将会对协议的内容及其签订背景进行审查。这一步骤至关重要，因为如果协议被发现违反了法律法规的强制性规定，比如排除了员工的法定权益，那么该协议可能会被认定为无效。在此之后，仲裁机构将根据员工的具体诉求和事实证据进行审理。

在应对仲裁过程中，公司应积极准备相关证据，包括劳动合同、工资支付记录、考勤记录以及离职手续办理凭证等，以支持自身的观点。同时，公司需要撰写详细的答辩意见，明确阐述对于员工仲裁请求的立场和反驳理由。

如果仲裁机构认定员工的诉求合理合法，即使已经签订了离职协议，员工仍然有可能获得支持。例如，如果协议中未涵盖未休年假工资等问题，员工在仲裁中提出该部分请求，仍有可能胜诉。

此外，公司还需要注意以下几点：

1. 如果离职协议显失公平，如补偿金额远低于法定标准，员工可以请求撤销协议，公司可能需要按法定标准支付补偿。
2. 如果公司以欺诈、胁迫手段或乘人之危使员工签订协议，员工可以主张协议无效，公司需要承担法定补偿和赔偿责任。
3. 如果协议遗漏了员工的法定权益，如未支付加班费、年假工资等，公司仍需依法支付。

因此，面对员工的仲裁申请，公司应冷静应对，依法依规处理，并积极提供证据证明自身无过错且已依法履行义务。如果对仲裁结果不服，公司可以在规定期限内依法提起诉讼，以维护自身的合法权益。