结论：在您描述的情况下，如果协议内容合法有效且符合相关法律规定，法院是可以对房屋进行确权的。不过，具体能否确权还需考虑多种因素，下面我将从多个角度为您详细分析。
一、协议的法律效力
协议内容合法性：首先，需要确认母亲与三子女签订的协议内容是否合法。协议应当是各方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果协议内容合法，那么它就是有效的，对各方具有约束力。
协议形式要求：虽然口头协议在某些情况下也可能具有法律效力，但涉及房产等重大财产的协议，最好采用书面形式，并由各方签字或盖章确认。书面协议更有利于证明协议的存在和内容，减少纠纷的发生。
二、确权的法律依据
物权法相关规定（虽已废止，但相关精神在《民法典》中得以延续）：根据原《物权法》及现行《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。因此，如果协议约定房屋归某一子女所有，且该子女已经按照协议履行了相关义务（如支付了对价等，尽管在家庭内部可能不存在实际对价支付，但需确保协议无其他违法情形），那么该子女有权要求办理房屋过户手续，将房屋登记在自己名下。
继承法相关规定（已废止，相关内容整合至《民法典》继承编）：在父亲去世后，房屋作为遗产，其继承问题应遵循《民法典》继承编的相关规定。如果母亲与三子女签订的协议是在父亲去世后，且各方对遗产分配达成一致意见，那么该协议可以视为对遗产的处分协议。只要协议内容合法，且不损害其他继承人的合法权益，法院就可以根据协议内容对房屋进行确权。
三、确权的具体流程
协商与调解：在提起诉讼之前，各方可以尝试通过协商或调解的方式解决纠纷。如果能够达成一致意见，可以签订书面协议并办理房屋过户手续。
提起诉讼：如果协商或调解无果，任何一方都可以向法院提起诉讼，要求确认房屋的所有权归属。在诉讼过程中，需要提交相关证据证明协议的存在和内容，以及各方对协议的履行情况。
法院判决与执行：法院在审理案件后，会根据相关法律规定和证据情况作出判决。如果判决确认房屋归某一子女所有，那么该子女可以持判决书到相关部门办理房屋过户手续。
四、可能遇到的法律问题及建议
协议效力争议：如果其他子女对协议的效力提出异议，认为协议存在欺诈、胁迫等情形，或者认为协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么法院可能会对协议的效力进行审查。在这种情况下，建议提前收集好相关证据证明协议的合法性和真实性。
过户手续办理：即使法院判决确认房屋归某一子女所有，但如果其他子女不配合办理过户手续，那么该子女可能还需要通过强制执行等方式来实现自己的权益。因此，在签订协议时，最好明确约定过户手续的办理时间和方式，以及违约责任等条款。
最后，我建议您在处理此类问题时，尽量保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。