结论：公司以旷工自离处理是否合理，需结合具体情况判断，主要从请假制度合法性、公司是否尽到通知义务、员工是否履行请假程序等角度分析。以下分情况说明：

1. 若公司请假制度合法且员工未履行程序

根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司规章制度明确规定：

• 请假需提前申请并经审批；
• 旷工达到一定天数（如3天）视为自动离职；
• 制度已通过民主程序制定并公示（如员工手册签字确认）。

此时处理可能合理：若员工未提交病假材料（如诊断证明、手术记录）、未履行请假流程，且公司已明确告知制度，则旷工自离处理可能被认定为合法。但需注意：

• 员工因手术属于突发重大疾病，若已口头请假并说明情况，公司应给予补正机会；
• 若公司直接按旷工处理未核实情况，可能涉嫌程序违法。

2. 若公司请假制度违法或未尽通知义务

若公司存在以下情形，处理可能违法：

• 制度未公示：如员工不知晓旷工自离规定；
• 制度内容违法：如规定“无论何种原因旷工均自离”，剥夺员工申辩权；
• 未履行告知义务：员工已口头请假，公司未提醒补交材料或未核实病情。

此时处理违法：员工可主张公司违法解除劳动合同，要求支付赔偿金（2N倍月工资）或继续履行合同。

3. 员工可采取的救济措施

1. 与公司协商：要求出具书面解除通知，明确解除理由；
2. 申请劳动仲裁：若公司违法解除，可主张赔偿金；
3. 收集证据：包括手术记录、请假记录、公司制度文件、沟通记录等。

4. 对公司的建议

1. 完善制度：明确病假申请流程、材料要求及审批时限；
2. 人性化处理：对突发重大疾病员工，可要求补交材料而非直接按旷工处理；
3. 留存证据：解除劳动合同需书面通知并送达员工。

总结：公司处理是否合理需结合制度合法性、员工请假情况及公司告知义务综合判断。若您需进一步分析具体证据或制定应对策略，可直接向我提供更多细节（如公司制度内容、请假记录等），我将为您详细解答。