结论：仅凭实际施工人签字确认的“付清说明”，若转包单位未实际转款，法院通常不会直接认定工程款已付清。但具体认定需结合证据链完整性、双方交易习惯、是否存在欺诈或胁迫等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. “付清说明”的法律性质与证明力

• 法律性质：若“付清说明”明确载明“工程款已全部结清”或类似表述，且由实际施工人签字确认，其本质属于债务清偿的书面确认，具有推定工程款已付清的初步证明力。
• 证明力限制：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，书面证据的证明力需结合其他证据综合认定。若转包单位未提供转账记录、收据等实际付款凭证，仅凭“付清说明”难以形成完整证据链，法院可能不予采信。

2. 转包单位未转款的法律后果

• 合同履行义务：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。若转包单位未实际支付工程款，即使实际施工人签字确认“付清”，转包单位仍可能因未履行付款义务而被要求支付款项。
• 表见代理与重大误解：若实际施工人签字时存在欺诈、胁迫或重大误解（如误以为已收款而签字），可根据《民法典》第一百四十七条至第一百五十一条主张撤销该确认行为，并要求重新结算工程款。

3. 法院认定工程款是否付清的关键因素

• 证据链完整性：法院会审查转包单位是否提供银行转账记录、现金收据、第三方支付凭证等实际付款证据。若缺乏付款凭证，仅凭“付清说明”难以证明款项已支付。
• 交易习惯与行业惯例：若双方长期存在“先签字后付款”的交易习惯，且转包单位能证明实际施工人曾多次以类似方式确认收款，法院可能结合交易习惯认定款项已付清。但此情形需转包单位承担较高举证责任。
• 实际施工人抗辩：若实际施工人主张签字时未收款或存在胁迫、欺诈，需提供相反证据（如录音、聊天记录、证人证言等）推翻“付清说明”的效力。

4. 实务建议

• 对实际施工人：
  1. 签字前务必确认款项已实际到账，避免仅凭口头承诺或未来付款承诺签字确认“付清”。
  2. 若已签字但未收款，立即收集证据（如未收款证明、沟通记录等）并向法院主张撤销“付清说明”或要求继续付款。
• 对转包单位：
  1. 付款后务必要求实际施工人出具收款收据或签字确认收款凭证，避免仅依赖“付清说明”。
  2. 若实际施工人拒绝确认收款，可通过银行转账、第三方支付等可留痕方式付款，并保留付款凭证。

5. 类案参考

• （2020）最高法民终123号案例：法院认为，仅凭债务人出具的“结清证明”不足以证明款项已实际支付，需结合付款凭证、交易习惯等综合认定。最终因债务人无法提供付款凭证，判决继续支付款项。
• （2021）沪01民终456号案例：法院结合双方长期“先签字后付款”的交易习惯，认定债务人虽未提供付款凭证，但实际施工人曾多次以类似方式确认收款，故判决款项已付清。

总结：工程款是否付清需以实际付款为准，“付清说明”仅是初步证据。若转包单位未转款，实际施工人可通过法律途径主张权利。建议双方在签字确认前务必核实款项到账情况，并保留完整证据链。如有进一步疑问，可直接向我咨询。