核心结论：分公司签订合同但未实际出资，项目资金由项目负责人自行出资的情况，需从合同效力、责任承担主体、内部责任划分三个角度综合分析，具体如下：

1. 合同效力问题

根据《民法典》第143条，合同有效的核心要件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定。

• 分公司签约的合法性：若分公司依法设立并领取营业执照，其有权以自己名义签订合同（《公司法》第14条）。即使分公司未实际出资，合同效力不受影响，但需注意其经营范围是否包含签约事项。
  
• 项目负责人出资的性质：项目负责人个人出资属于合同履行层面的资金来源问题，不影响合同本身的效力。但若合同中明确约定“分公司需出资”而未履行，可能构成违约，需承担违约责任。

2. 责任承担主体

需区分对外责任与对内责任：

• 对外责任：
  
  • 若分公司以自己名义签约，原则上由分公司承担民事责任（《公司法》第14条）。但分公司财产不足以清偿时，总公司需承担补充责任（《公司法司法解释三》第13条）。
    
  • 若项目负责人以分公司名义签约但未获授权，可能构成表见代理（如相对方有理由相信其有代理权），此时总公司仍需承担责任，后续可向项目负责人追偿。
    
• 对内责任：
  
  • 项目负责人自行出资的性质需明确：若为借款，分公司需偿还；若为投资，需通过内部协议约定收益分配；若为垫资，可依据内部约定或行业惯例主张权利。
    
  • 若分公司与项目负责人未签订书面协议，可能面临举证困难，需结合转账记录、沟通记录等证据综合认定。

3. 实务建议

• 完善合同条款：在合同中明确资金来源、责任划分及违约条款，避免歧义。
  
• 内部协议约定：分公司与项目负责人应签订书面协议，明确出资性质、权益分配及风险承担。
  
• 财务独立管理：确保分公司财务与项目资金分离，避免混同导致总公司承担连带责任。
  
• 及时追偿或维权：若项目负责人出资后未获补偿，可依据协议或法律规定主张权利；若分公司因合同违约需担责，可向总公司申请资金支持或追偿。

总结：分公司未出资不影响合同效力，但可能引发责任承担问题；项目负责人出资需通过内部协议明确权利义务。建议结合具体案情，进一步分析合同条款、授权文件及资金往来证据，以制定针对性方案。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。