结论：当事人主张的法律关系与法院查明的法律关系不一致时，法院不一定会直接驳回其诉讼请求，而是会根据具体情况进行判断和处理。
分析说明：
法律关系不一致的处理原则：
- 在民事诉讼中，当事人主张的法律关系是诉讼的基础。如果当事人主张的法律关系与法院查明的法律关系不一致，这并不意味着法院会直接驳回诉讼请求。
- 法院会首先审查当事人主张的法律关系是否成立，以及是否有足够的证据支持。如果当事人主张的法律关系确实不成立，或者缺乏证据支持，法院可能会根据查明的法律关系进行裁判，而不是直接驳回诉讼请求。
法院可能采取的措施：
- 释明权行使：法院在审理过程中，如果发现当事人主张的法律关系与案件事实不符，可能会行使释明权，告知当事人变更诉讼请求或者补充相关证据。这是为了保障当事人的诉讼权利，确保案件能够得到公正、合理的审理。
- 根据查明事实裁判：如果当事人拒绝变更诉讼请求或者补充证据，法院可能会根据查明的法律关系进行裁判。例如，如果当事人主张的是合同关系，但法院查明实际上是侵权关系，那么法院可能会按照侵权关系的法律规定进行裁判。
驳回诉讼请求的情形：
- 当然，也存在一些情况下法院会驳回当事人的诉讼请求。这通常发生在当事人主张的法律关系完全不成立，且没有其他法律关系可以替代或者补充的情况下。例如，如果当事人主张的是基于某个不存在的合同产生的权利，而法院查明该合同确实不存在，且没有其他法律关系可以支持当事人的主张，那么法院可能会驳回其诉讼请求。
特殊场景：
- 在某些特殊类型的案件中，如劳动争议、婚姻家庭纠纷等，法律关系的认定可能更加复杂。这些案件往往涉及更多的情感因素和事实细节，需要法院进行更加细致的审查和判断。因此，在这些案件中，即使当事人主张的法律关系与法院查明的法律关系不一致，法院也可能会更加谨慎地处理，而不是直接驳回诉讼请求。
行动建议：
- 对于当事人来说，在提起诉讼前应该充分了解案件事实和法律规定，确保自己主张的法律关系是成立且有证据支持的。
- 在诉讼过程中，如果法院行使释明权或者提出其他意见，当事人应该积极配合并补充相关证据或者变更诉讼请求，以确保自己的权益得到保障。
- 如果对法院的裁判结果有异议，当事人可以在法定期限内提起上诉或者申请再审等法律程序来维护自己的权益。
法律依据：
- 虽然直接的法律条文可能并未明确规定“当事人主张的法律关系与法院查明的法律关系不一致时如何处理”，但根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院在审理案件时应当以事实为依据，以法律为准绳。这意味着法院在审理过程中会根据查明的案件事实和适用的法律规定进行裁判，而不是仅仅依据当事人主张的法律关系。