在经法院审理查明按基础法律关系审理，而当事人不同意变更的情况下，法院不一定会直接驳回诉讼，而是会根据具体情况进行裁判。具体分析如下：
一、法院的处理方式
赋予辩论机会并作出实体判决：
- 法院会将争议的法律关系性质作为焦点问题进行审理，赋予当事人就此进行充分发表意见的机会。
- 在此基础上，法院可依据认定的法律关系性质，并结合当事人的辩论意见，在其诉讼请求的范围内作出实体判决。这种方式实现了程序保障与纠纷一次性解决的双重目的。
驳回诉讼请求或起诉：
- 如果依据法院的认定会导致诉讼请求本身可能发生变更、需要提供新证据以及双方争议较大等，为防止突袭裁判，在原告拒绝变更诉讼请求时，法院不宜直接作出实体判决。
- 此时，法院可能会选择驳回起诉或驳回诉讼请求，并告知当事人可另行起诉。这通常发生在当事人主张的法律关系与法院认定的法律关系性质差异较大，且继续诉讼可能无实际意义或浪费司法资源的情况下。
二、法律依据与裁判逻辑
- 法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关条款，诉讼过程中，当事人主张的法律关系的性质或者民事行为的效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致的，人民法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。但法律关系性质对裁判理由及结果没有影响，或者有关问题已经当事人充分辩论的除外。
- 裁判逻辑：法院在审理案件时，应根据查明的事实对法律关系进行准确认定。当原告主张的法律关系与法院认定的不一致时，法院有义务向原告释明，以便原告能够基于正确的法律关系提出诉讼请求。若原告坚持不变更诉讼请求，则意味着其愿意承担因主张错误的法律关系而带来的不利后果。在此情况下，法院会根据诉讼经济与效率原则，以及程序保障的要求，作出相应的裁判。
三、实际案例与启示
- 实际案例：假设甲公司向法院起诉乙公司，要求乙公司按照买卖合同支付货款。然而，在审理过程中，法院发现甲公司与乙公司之间实际上并不存在买卖合同关系，而是存在委托合同关系。法院遂向甲公司释明，告知其可以变更诉讼请求为要求乙公司按照委托合同关系承担相应责任。若甲公司坚持不变更诉讼请求，法院可能会根据具体情况作出驳回起诉或驳回诉讼请求的裁定。
- 启示：当事人在诉讼过程中应准确主张法律关系性质，并在法院释明后根据实际情况考虑是否变更诉讼请求。同时，法院在处理此类案件时也应注重程序保障与纠纷一次性解决的平衡。
建议：如果您作为当事人遇到此类情况，建议积极与法院沟通，了解法院认定的法律关系性质，并根据实际情况考虑是否变更诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。