结论：在最高院审理的案件中，若当事人主张的法律关系与法院查明的事实不一致，法院驳回起诉的合法性取决于具体情形。一般来说，若法院查明的事实与当事人主张的法律关系性质或民事行为的效力存在根本性差异，且这种差异导致当事人主张的法律关系无法成立，法院驳回起诉是合法的。但若法院驳回起诉的理由不充分或程序不当，则可能构成违法。
详细分析：
法律关系性质与民事行为效力的认定：
- 在民事诉讼中，当事人主张的法律关系性质或民事行为的效力，是法院审理案件的重要基础。若法院通过审理查明，当事人主张的法律关系性质或民事行为的效力与事实不符，且这种不符导致当事人主张的法律关系无法成立，法院有权根据查明的事实，对当事人主张的法律关系性质或民事行为的效力进行重新认定。
- 例如，当事人主张双方之间存在买卖合同关系，但法院查明双方实际为借贷关系，且借贷关系中并未约定买卖合同的相关条款，此时法院可以认定当事人主张的法律关系性质与事实不符，进而驳回其基于买卖合同关系的起诉。
驳回起诉的合法性依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，法院在审理案件时，应当根据查明的事实，依法作出判决。若当事人主张的法律关系与法院查明的事实不一致，且这种不一致导致当事人主张的法律关系无法成立，法院驳回起诉是符合法律规定的。
- 驳回起诉通常发生在案件不符合起诉条件或法院认为当事人无权提起诉讼的情况下。在当事人主张的法律关系与法院查明的事实不一致时，若这种不一致导致案件无法继续审理或当事人无权基于其主张的法律关系提起诉讼，法院可以驳回起诉。
驳回起诉的例外情况：
- 并非所有当事人主张的法律关系与法院查明的事实不一致的情况都会导致驳回起诉。若法院认为当事人主张的法律关系虽然与事实不符，但可以通过变更诉讼请求或补充证据等方式继续审理，法院可能会给予当事人一定的补正机会，而不是直接驳回起诉。
- 此外，若法院驳回起诉的理由不充分或程序不当，如未充分听取当事人意见、未依法进行证据审查等，也可能构成违法。在这种情况下，当事人可以通过上诉或申请再审等途径维护自己的合法权益。
建议：
- 对于当事人而言，在提起诉讼前应充分了解案件事实和法律规定，确保自己主张的法律关系与事实相符。若发现主张的法律关系与事实存在差异，应及时调整诉讼请求或补充证据，以避免被法院驳回起诉。
- 对于法院而言，在审理案件时应严格依法进行事实认定和法律适用，确保驳回起诉的合法性和正当性。若需要驳回起诉，应充分听取当事人意见、依法进行证据审查，并给出充分的驳回理由。
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