当法院查明的事实与当事人主张的法律关系性质不一致时，法院将依法进行释明，并根据查明的法律关系性质确定案由，当事人可根据释明选择是否变更诉讼请求。以下是对此问题的详细分析：

1. 法院的处理方式：

   • 释明义务：法院在发现当事人主张的法律关系与查明事实不符时，有义务向当事人释明，即告知其法律关系的实际性质。这是为了保障当事人的知情权和诉讼权利，确保案件能够公正、准确地审理。
   • 变更诉讼请求：经法院释明后，当事人有权选择变更诉讼请求以符合查明的法律关系。若当事人选择变更，法院将依据新的诉讼请求进行审理。若当事人坚持原诉讼请求不变，法院将基于查明的事实作出判决，可能导致当事人因主张与事实不符而败诉。
   • 确定案由与判决：法院将根据查明的法律关系性质确定案由，并在裁判文书中明确写明。若当事人拒绝变更诉讼请求，法院可能驳回其起诉，但会在裁判文书中阐明实际的法律关系性质。

2. 典型案例分析：

   • 例如，在某合同纠纷案中，当事人主张为借款合同关系并要求偿还本息，但法院查明双方实为合作投资关系。在此情况下，法院应向当事人释明这一差异。若当事人变更诉讼请求为按合作投资关系处理，法院将据此审理；若坚持原诉求，法院将因其主张与事实不符而驳回诉讼请求。

3. 可能带来的影响：

   • 对当事人的影响：当事人需审慎考虑是否变更诉讼请求，因为这涉及重新组织证据和辩论，可能影响诉讼时间和成本。坚持错误主张可能导致败诉，进而影响其实体权益。
   • 对司法效率的影响：释明和可能的诉讼请求变更会延长诉讼程序，增加司法资源消耗。但这一过程对于确保案件公正审理和当事人权益保护至关重要。
   • 二审与再审的纠正：在二审或再审中，若发现一审因法律关系认定错误导致判决不当，法院将依法改判、撤销或变更。这体现了司法体系的自我纠错机制，旨在确保最终裁决的公正性和准确性。

综上所述，当法院查明的事实与当事人主张的法律关系性质不一致时，当事人应积极配合法院的调查和释明工作，并根据实际情况及时调整诉讼请求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。