当原告主张的法律关系与法院认定的不一致时，法院将会如何处理呢？让我来详细为你解释一下。
首先，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关规定，如果诉讼过程中，当事人主张的法律关系性质或者民事行为效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致，人民法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。这意味着，法院会重点关注这一不一致之处，并围绕它进行深入的审理和辩论。
接下来，法院会给予双方当事人充分的机会就此发表意见，进行辩论。这是为了确保当事人能够充分行使自己的诉讼权利，对法院认定的法律关系性质或民事行为效力提出自己的看法和证据。
然后，基于双方的辩论和法院对案件的全面审查，法院会作出相应的裁判。这里有几种可能的处理方式：
驳回诉讼请求：如果原告坚持按其认为的法律关系主张权利，而不变更诉讼请求，且法院认为其主张的法律关系与案件事实不符，那么法院可能会驳回原告的诉讼请求。同时，法院会告知原告可就真实的法律关系另行主张权利。
依据法院认定的法律关系作出实体判决：在某些情况下，尽管原告主张的法律关系与法院认定的不一致，但法院可能会基于其认定的法律关系性质，并结合当事人的辩论意见，在原告的诉讼请求范围内作出实体判决。这样做是为了实现纠纷的一次性解决，提高诉讼效率。
需要注意的是，法院在处理这类案件时，会特别谨慎，以避免突袭裁判的情况发生。如果法院认为依据其认定的法律关系进行裁判可能会导致诉讼请求本身发生变更、需要提供新证据或者双方争议较大等，那么法院可能会选择驳回原告起诉或驳回诉讼请求，并告知当事人可另行起诉。
综上所述，当原告主张的法律关系与法院认定的不一致时，法院会将其作为焦点问题进行审理，并给予双方当事人充分发表意见的机会。然后，基于双方的辩论和法院的审查，法院会作出相应的裁判，可能是驳回诉讼请求，也可能是依据法院认定的法律关系作出实体判决。具体处理方式会根据案件的具体情况和法院的认定来决定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。