针对您提出的问题“法院认定原告事实但诉讼法律关系不对怎么办”，首先我要明确的是，当法院在审理过程中发现原告主张的法律关系与法院根据案件事实作出的认定不一致时，法院会将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。以下是详细的解答：

1. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十三条第一款：“诉讼过程中，当事人主张的法律关系性质或者民事行为效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致的，人民法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。”

2. 法院处理流程：

   • 法院在审理案件时，会综合证据情况，对案件事实进行认定。
   • 如果法院认定的法律关系与原告主张的法律关系不一致，法院会向原告释明，并建议原告变更诉讼请求。
   • 如果原告坚持按其认为的法律关系主张权利，而不变更诉讼请求，法院可能会驳回原告的诉讼请求，并告知原告可就真实的法律关系另行主张权利。

3. 原告应对策略：

   • 在诉讼过程中，原告应当密切关注法院对案件事实的认定，以及法院对法律关系性质的判断。
   • 如果发现法院认定的法律关系与自己主张的不一致，原告应当认真考虑法院的建议，必要时可以变更诉讼请求，以符合法院对案件事实的认定。
   • 如果原告坚持自己的主张，应当充分准备证据，以支持自己的诉讼请求，并承担可能面临的诉讼风险。

4. 实际案例：

   • 以中铁二局瑞隆物流有限公司成都分公司与四川中恒信实业有限公司等买卖合同纠纷案为例，二审法院认定案涉交易并非买卖合同关系，而是更可能是借贷关系或其他法律关系。由于原告坚持按买卖合同法律关系主张权利，不变更诉讼请求，二审法院最终驳回了原告的诉讼请求，并告知原告可就真实的法律关系另行主张权利。

综上所述，当法院认定原告事实但诉讼法律关系不对时，法院会将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。原告应当密切关注法院的认定，并根据法院的建议和自己的实际情况，决定是否变更诉讼请求。如有需要，您可以进一步向我咨询具体的法律问题和应对策略。