当原告主张的案由与法院认定不一致时，法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理，并可能裁定驳回原告的起诉或判决驳回原告的诉讼请求。具体分析如下：

一. 法院应将法律关系性质作为焦点审理

• 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十三条第一款，诉讼过程中，当事人主张的法律关系性质或者民事行为效力与人民法院根据案件事实作出的认定不一致的，人民法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。这意味着法院需要重点审查并明确双方之间的实际法律关系。

二. 原告坚持原案由可能导致的后果

• 如果法院经过审理，认定原告主张的法律关系与事实不符，并向原告释明后，原告仍坚持其原案由和诉讼请求，那么法院可能根据案件情况作出不同处理：
  1. 判决驳回原告诉讼请求：因为原告拒绝变更诉讼请求，导致其主张的事实和理由在实体上无法得到支持，法院可以判决驳回原告的诉讼请求。同时，法院会告知原告可就真实的法律关系另行主张权利。
  2. 裁定驳回原告起诉：参照2015年最高人民法院《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十四条的精神，如果当事人主张的法律关系与法院认定不一致，且当事人拒绝变更诉讼请求，法院也可以裁定驳回起诉。

三. 实际案例的参考

• 以中铁二局瑞隆物流有限公司成都分公司与四川中恒信实业有限公司等买卖合同纠纷案为例，最高人民法院在审理中认定案涉交易并非买卖合同关系，而是可能基于融资需要而发生的借贷关系或其他法律关系。由于原告坚持按买卖合同法律关系主张权利，不变更诉讼请求，最高人民法院最终裁定驳回了原告的再审申请。

我建议，在面对原告主张的案由与法院认定不一致的情况时，原告应当认真考虑法院释明的法律关系，并根据实际情况决定是否变更诉讼请求。如果坚持原案由和诉讼请求，可能会面临被驳回起诉或诉讼请求的风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。