结论：员工考勤超过三次未打卡按半天事假处理是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度角度
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。公司规章制度若经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向劳动者公示或告知，则具有法律效力。
- 若公司规章制度明确规定“员工考勤超过三次未打卡按半天事假处理”，且该规定不违反法律法规强制性规定（如不克扣工资、不侵犯劳动者休息权等），则该规定对员工具有约束力。
规章制度合理性：
- 合理性需结合具体情境判断。例如，若公司因业务需要要求员工严格考勤，且未打卡可能影响工作安排或客户体验，则该规定可能具有合理性。
- 但若公司未提供打卡设备故障时的补救措施（如补卡、报备等），或未打卡与实际出勤情况不符（如员工已到岗但未打卡），则直接按事假处理可能显失公平。
二、劳动合同角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了考勤管理方式（如未打卡的处理方式），则双方应按合同约定履行。
- 若合同未约定，则公司规章制度或实际履行情况可能成为判断依据。
合同变更与协商：
- 若公司欲变更考勤管理方式（如将未打卡按事假处理），应与员工协商一致并签订书面变更协议。未经协商一致单方面变更的，可能构成违法。
三、法律法规角度
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，但有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（此处不涉及未打卡情形）。
- 若公司因未打卡直接扣减工资（如按事假处理并扣减半天工资），需确保该扣减符合规章制度或劳动合同约定，且不违反最低工资标准等强制性规定。
休息权保障：
- 劳动者享有休息权，公司不得随意剥夺。若未打卡按事假处理导致员工实际工作时间超过法定标准（如每日8小时、每周40小时），则可能违反《劳动法》第三十六条至第三十八条关于工作时间和休息休假的规定。
四、实操建议
公司层面：
- 完善规章制度：明确考勤管理方式、未打卡的处理流程（如补卡、报备、扣减工资或事假等），并确保制度合法合理且向员工公示。
- 提供补救措施：如打卡设备故障时允许补卡或报备，避免因技术问题导致员工权益受损。
- 协商一致：变更考勤管理方式时，应与员工协商一致并签订书面协议。
员工层面：
- 了解规章制度：入职时仔细阅读并理解公司规章制度，特别是考勤管理部分。
- 保留证据：如因特殊情况未打卡（如设备故障、外出办公等），应及时保留证据（如报备记录、客户证明等）以备查。
- 主张权益：若认为公司处理方式违法或不合理，可与公司协商或向劳动监察部门投诉。
总结：员工考勤超过三次未打卡按半天事假处理是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。公司应确保制度合法合理且向员工公示，员工应了解制度并保留证据以维护自身权益。如有疑问或需进一步法律帮助，可直接向我咨询。