针对员工多次不打卡缺勤的问题，处理时需综合考虑公司规章制度、法律法规以及用工管理的合理性和善意原则。以下是一些详细的处理步骤和建议：
一、明确公司规章制度
制定并公示考勤管理制度：公司应制定明确的考勤管理制度，包括打卡时间、缺勤定义、惩戒措施等，并通过员工手册、内部公告或培训等方式确保员工知晓并理解。
区分缺勤类型：在制度中明确区分迟到、早退、旷工等缺勤类型，以及每种类型的具体定义和惩戒措施。例如，迟到超过一定时间（如20分钟）可视为旷工半天，多次旷工可构成严重违纪。
二、收集证据
打卡记录：保存员工的打卡记录，作为缺勤的直接证据。对于未打卡的情况，需核实是否有请假、外出等合法理由，并要求员工提供相应证明。
提醒记录：在员工缺勤时，及时通过邮件、短信或内部通讯工具进行提醒，并保存提醒记录。这有助于证明公司已尽到管理义务，且员工对缺勤情况是知情的。
三、处理流程
初次缺勤：对于初次缺勤的员工，可先进行口头或书面警告，并告知其缺勤的后果和公司的考勤制度。
多次缺勤：对于多次缺勤的员工，应根据公司制度进行更严厉的惩戒，如扣发奖金、降职降薪或解除劳动合同等。在惩戒前，应确保员工已充分了解制度内容，并给予其陈述和申辩的机会。
严重违纪：若员工缺勤行为构成严重违纪（如一年内累计旷工达到一定天数），公司有权依据制度解除劳动合同。在解除前，应确保程序合法，如提前通知工会、听取员工意见等。
四、法律合规性
遵循法律法规：在处理员工缺勤问题时，公司应确保所有措施均符合《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定。例如，扣款不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
避免“以罚代管”：公司应避免单纯以罚款作为管理手段，而应结合教育、警告、惩戒等多种方式，引导员工遵守考勤制度。同时，对于员工的良好表现（如提前上班、加班等），也应给予适当奖励和认可。
五、案例参考
六、建议
加强沟通：在处理员工缺勤问题时，公司应加强与员工的沟通，了解其缺勤原因和困难，并尝试提供帮助和支持。
完善制度：公司应定期审视和更新考勤管理制度，确保其符合法律法规要求，并适应公司发展的需要。
培训教育：通过培训、宣传等方式提高员工对考勤制度的认识和遵守意识，减少缺勤行为的发生。
综上所述，处理员工多次不打卡缺勤问题需综合考虑公司制度、法律法规、用工管理原则以及员工实际情况等多方面因素。通过明确制度、收集证据、遵循流程、确保法律合规性并加强沟通与培训教育等措施，公司可以有效管理员工缺勤问题并维护良好的工作秩序。