企业将员工中夜班补贴充入饭卡且不能提现的行为，其合法性需分情况讨论：

1. 若企业与员工有明确约定：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同。若企业在劳动合同或规章制度中明确规定了中夜班补贴的发放形式为充入饭卡且不能提现，并且这一规定已经向员工进行了公示或告知，员工在签订劳动合同时也未对此提出异议，那么该行为在法律上可能被视为双方协商一致的结果，从而具有一定的合法性。
   • 建议：尽管如此，企业仍应确保这一规定不违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等，并且应充分考虑员工的实际需求，避免给员工带来不必要的困扰。

2. 若企业与员工无明确约定或约定不明确：

   • 合法性分析：在没有明确约定或约定不明确的情况下，企业单方面将中夜班补贴充入饭卡且不能提现的行为可能涉嫌违法。因为中夜班补贴属于员工应得的劳动报酬之一，员工有权自主支配其劳动报酬，包括选择如何消费或存储。企业无权强制员工以特定方式接受劳动报酬，除非这种强制方式符合法律法规的规定或双方有明确的约定。
   • 法律后果：如果企业行为被认定为违法，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求企业支付应得的中夜班补贴，并可能要求企业承担相应的法律责任。

3. 从员工权益保护角度：

   • 权益保障：无论企业与员工是否有明确约定，企业都应尊重员工的合法权益，包括劳动报酬的自主支配权。如果员工对企业的补贴发放方式有异议，企业应积极与员工沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 建议措施：企业可以考虑提供多种补贴发放方式供员工选择，如直接发放现金、转账至员工银行账户或充入饭卡等，以满足不同员工的需求。

总结与建议：

• 企业应确保与员工就中夜班补贴的发放方式有明确约定，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定。
• 在没有明确约定或约定不明确的情况下，企业应尊重员工的合法权益，避免单方面强制员工以特定方式接受劳动报酬。
• 如果员工对企业的补贴发放方式有异议，企业应积极与员工沟通协商，寻求解决方案。

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