在政府采购法中，投标人通常不可以直接向委托代理的分公司提出质疑，而是应向采购人或采购代理机构提出质疑。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与规定
根据《中华人民共和国政府采购法》第五十二条的规定，供应商（即投标人）认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。同时，如果采购人委托采购代理机构办理采购事宜，供应商也可以向采购代理机构提出质疑。
二、分公司与采购代理机构的区别
法律地位：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。而采购代理机构则是依法设立、从事采购代理业务并提供相关服务的社会中介组织，具有独立的法律地位。
职责范围：分公司通常负责总公司的部分业务活动，但在政府采购活动中，它并不直接作为采购代理机构出现。采购代理机构则专门负责采购文件的编制、发布采购公告、组织开标、评标等采购活动，并接受供应商的质疑。
三、投标人提出质疑的正确途径
向采购人提出质疑：如果投标人认为采购文件、采购过程或中标、成交结果存在问题，应首先向采购人提出书面质疑。采购人应在收到质疑后七个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。
向采购代理机构提出质疑：如果采购人委托了采购代理机构办理采购事宜，投标人也可以向采购代理机构提出质疑。采购代理机构应在收到质疑后七个工作日内作出答复，并同样以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。
四、特殊情况下的处理
如果分公司确实在政府采购活动中扮演了重要角色，例如作为采购人的代表或协助采购代理机构进行某些工作，但这并不意味着投标人可以直接向分公司提出质疑。在这种情况下，投标人仍应按照法律规定向采购人或采购代理机构提出质疑。如果分公司的不当行为导致了投标人的权益受损，投标人可以在提出质疑时明确指出，并要求采购人或采购代理机构对此进行调查和处理。
五、建议与注意事项
保留证据：投标人在提出质疑前，应确保已收集并保留了足够的证据来支持自己的主张。这些证据可能包括采购文件、公告、评标记录、通信记录等。
书面形式：质疑应以书面形式提出，并明确说明质疑的事项、理由和依据。这有助于确保质疑的清晰性和可追溯性。
及时提出：投标人应在知道或应知权益受损之日起七个工作日内提出质疑，以免错过法定的质疑期限。
寻求专业帮助：如果投标人对政府采购法或质疑程序不熟悉，可以寻求专业律师或政府采购咨询机构的帮助，以确保自己的权益得到有效维护。
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