代理公司可以给中标候选人发送针对项目结果的质疑函，但需严格遵循法定程序与条件。以下从不同角度详细分析：
一、法律框架下的质疑权
质疑权的主体：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，投标人或其他利害关系人有权对招标投标活动提出质疑。代理公司若作为招标人的代理人，本身并非投标人或直接利害关系人，原则上不具备直接提出质疑的主体资格。但若代理公司受招标人委托，以招标人名义处理质疑事宜，则可视为招标人行为的延伸，此时质疑函的发送可视为招标人的意思表示。
质疑的客体与内容：质疑函应针对招标投标过程中的具体违法违规行为或不合理事项，如评标过程不公正、中标候选人资格不符等。代理公司需确保质疑内容有充分证据支持，且符合法律法规规定的质疑范围。
二、代理公司发送质疑函的合法路径
受招标人明确委托：若招标人通过书面形式明确授权代理公司处理质疑事宜，代理公司可依据授权发送质疑函。此时，质疑函应注明“受招标人委托”或类似表述，以明确法律关系的主体。
质疑函的格式与内容要求：质疑函应包含质疑人名称、地址、联系方式；被质疑人名称；质疑事项、事实依据和法律依据；请求及主张；必要的证明材料等。代理公司需确保质疑函内容完整、格式规范，避免因形式瑕疵导致质疑无效。
三、发送质疑函的法律后果与注意事项
法律后果：若质疑成立，招标人应依法处理，如重新评标、取消中标候选人资格等。若质疑不成立，招标人应书面答复质疑人，并说明理由。代理公司作为质疑函的发送方，需承担因质疑内容不实或程序违法而引发的法律责任，如赔偿损失、承担行政责任等。
注意事项：
四、特殊情况下的处理
若代理公司发现招标投标过程中存在严重违法违规行为，且招标人拒绝处理或无法联系招标人时，代理公司可考虑向招标投标监督管理部门举报或投诉，以维护招标投标活动的公正性和合法性。
建议：代理公司在发送质疑函前，应全面评估质疑的合法性、合理性和必要性，确保质疑内容有充分证据支持，并遵循法定程序。如有疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业法律意见。