工程建设中标候选人质疑函可以递交代理机构，但具体递交对象需根据招标文件规定及实际情况确定。以下从不同角度为您详细分析：

一、从招标文件规定角度

在工程建设招标过程中，招标文件是招标活动的核心依据，其中会明确规定质疑函的递交对象、递交方式、递交期限等关键信息。因此，首先应仔细查阅招标文件，看其是否明确规定了质疑函应递交至代理机构。如果招标文件中有明确规定，那么按照招标文件的要求执行即可。

二、从实际操作角度

1. 代理机构角色：在工程建设招标中，代理机构通常负责招标活动的组织、协调、监督等工作。如果招标文件未明确规定质疑函的递交对象，或者规定可以递交至代理机构，那么将质疑函递交至代理机构是一个合理的选择。代理机构在收到质疑函后，会按照相关规定进行处理，如转交至招标人或组织相关人员进行答复。

2. 招标人角色：招标人是招标活动的发起方，对招标活动负有最终责任。如果招标文件规定质疑函应直接递交至招标人，或者您认为直接递交至招标人更为合适（例如，招标文件未明确规定且您希望直接与招标人沟通），那么您也可以选择将质疑函递交至招标人。

三、从法律后果角度

无论您选择将质疑函递交至代理机构还是招标人，都应确保质疑函的内容真实、准确、完整，并按照规定的期限和方式递交。如果因质疑函递交不当而导致质疑未被及时受理或处理，可能会影响您的合法权益。例如，如果质疑函未在规定期限内递交，或者递交方式不符合规定，招标人或代理机构可能会拒绝受理您的质疑。

四、建议与注意事项

1. 仔细阅读招标文件：在递交质疑函前，务必仔细阅读招标文件，了解质疑函的递交要求。
2. 保留证据：在递交质疑函时，建议保留好递交凭证（如快递单号、电子邮件发送记录等），以便在需要时证明您已按时递交质疑函。
3. 及时跟进：在递交质疑函后，及时与代理机构或招标人沟通，了解质疑的处理进展情况。

如果您在工程建设中标候选人质疑函递交过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。