如果质疑函代理机构没有回复中标结果，该中标结果在有些情况下仍然有效。具体分析如下：

1. 根据相关法律法规：

   • 根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）第十六条规定，如果采购人、代理机构认为供应商质疑成立，但未对中标、成交结果构成影响的，可以继续开展采购活动。这意味着，即使质疑函未得到回复，只要质疑事项不影响中标结果，中标仍然有效。

2. 不同情况下的分析：

   • 质疑不影响中标结果：如果供应商的质疑事项经过调查后发现并不影响中标结果，即使代理机构未回复质疑函，中标结果也依然有效。此时，采购活动可以继续进行，不受质疑函的影响。
   • 质疑影响中标结果：如果供应商的质疑事项经过调查后被确认影响中标结果，那么中标结果可能会被撤销或重新评审。在这种情况下，代理机构未回复质疑函并不代表中标结果有效，而是需要根据实际情况进行相应处理。

3. 建议与注意事项：

   • 对于供应商来说，如果提交了质疑函但长时间未得到回复，建议主动与代理机构沟通，了解质疑处理进度和结果。
   • 如果质疑确实影响了中标结果，供应商可以依法提出投诉，要求相关部门介入处理。
   • 采购人和代理机构在处理质疑时，应严格按照法律法规进行，确保公正、公平、公开。

综上所述，质疑函代理机构没有回复中标结果并不直接决定中标结果的有效性。需要根据质疑事项的具体内容和影响程度来判断中标结果是否有效。如果你在此类问题上遇到更具体的情况或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。