结论：被告以原告超3天未到新岗位为由违反公司制度解除劳动合同是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况分析，包括公司制度的合法性、合理性以及解除劳动合同的程序是否合法等。以下从不同角度进行分析：
一、公司制度的合法性与合理性
公司制度需合法：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司制度未经上述程序制定，或者内容违反法律、行政法规的规定，那么该制度可能被视为无效，用人单位不能依据该制度解除劳动合同。
公司制度需合理：
- 即使公司制度合法，但如果其规定过于苛刻或不合理，也可能被视为无效。例如，如果公司制度规定“员工未按时到新岗位报到，无论原因如何，均视为严重违反公司制度，予以解除劳动合同”，这样的规定可能过于绝对，缺乏合理性。
二、解除劳动合同的程序合法性
通知与说明义务：
- 用人单位在解除劳动合同时，应当履行通知与说明义务，即告知劳动者解除劳动合同的原因、依据以及相关的权利与义务。
- 如果用人单位未履行上述义务，或者解除劳动合同的理由不充分、不合法，那么解除劳动合同的行为可能被视为违法。
工会或职工代表的意见：
- 在解除劳动合同前，用人单位应当事先将理由通知工会或职工代表，并听取其意见。如果用人单位未履行这一程序，也可能影响解除劳动合同的合法性。
三、具体案例分析
如果公司制度合法且合理，且解除劳动合同的程序合法：
- 在这种情况下，如果原告确实超3天未到新岗位报到，且没有合理的理由（如生病、家庭变故等），那么被告以原告违反公司制度为由解除劳动合同可能是合法的。
如果公司制度存在瑕疵或解除劳动合同的程序不合法：
- 在这种情况下，即使原告确实超3天未到新岗位报到，被告也不能简单地以原告违反公司制度为由解除劳动合同。因为公司制度的瑕疵或解除程序的违法性可能导致解除劳动合同的行为无效。
四、建议
- 对于劳动者：如果面临类似情况，建议首先查阅公司制度，了解相关规定是否合法、合理。同时，收集相关证据（如病假条、家庭变故证明等），以证明自己未按时到新岗位报到有合理的理由。如果认为用人单位解除劳动合同的行为违法，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：在制定公司制度时，应确保制度的合法性与合理性，并履行相关的程序义务。在解除劳动合同时，应确保解除理由的充分性与合法性，并履行通知与说明义务以及听取工会或职工代表意见的程序。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。