在认定单位犯罪但负责人多次变更的情况下，处理方式需结合具体案情和法律规定来综合判断，核心原则是单位犯罪的认定不因负责人变更而受影响，但需明确犯罪行为发生时的责任主体及后续追责方式。以下分情况详细说明：

1. 单位犯罪的认定与负责人变更无关

• 法律原则：单位犯罪的认定基于单位整体意志和利益，而非单个负责人的行为。即使负责人多次变更，只要犯罪行为是单位决策或授权下实施的，且为单位谋取非法利益，仍可认定单位犯罪。
• 关键证据：需证明犯罪行为是单位意志的体现，如单位会议记录、决策文件、授权委托书等，而非个人擅自决定。

2. 负责人变更对刑事责任的影响

• 直接责任人员：犯罪行为发生时的直接负责的主管人员和其他直接责任人员需承担刑事责任。即使后续负责人变更，原责任人员仍可能被追责。
• 新负责人的责任：若新负责人未参与犯罪行为，且无证据表明其明知或应知单位犯罪仍继续实施，一般不承担刑事责任。但若新负责人接手后继续实施犯罪或掩盖犯罪，可能成为新的责任主体。

3. 实务中的处理方式

• 调查重点：
  • 明确犯罪行为的具体时间、决策过程及参与人员；
  • 梳理单位负责人变更的时间线及职责范围；
  • 区分单位行为与个人行为，避免将个人犯罪误认为单位犯罪。
• 追责程序：
  • 对单位：判处罚金，并可能对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚；
  • 对个人：根据其在犯罪中的角色和作用，依法追究刑事责任，不受负责人变更影响。

4. 特殊情形处理

• 单位注销或破产：若单位在犯罪后注销或破产，仍可追究直接责任人员的刑事责任，但单位本身不再承担罚金责任。
• 负责人逃匿或死亡：若直接责任人员逃匿或死亡，可能中止对其个人的追责程序，但不影响对单位的定罪和罚金处罚。

5. 建议与注意事项

• 单位合规建设：建议单位建立完善的合规制度，明确决策流程和责任划分，避免因个人行为导致单位承担刑事责任。
• 及时应对调查：若单位涉及犯罪调查，应积极配合司法机关，提供完整证据链，证明犯罪行为与单位意志的关联性或独立性。
• 法律风险评估：在负责人变更时，进行法律风险评估，确保新负责人不继承或延续原单位的犯罪行为。

总结：单位犯罪的认定不因负责人变更而改变，关键在于犯罪行为是否体现单位意志并为单位谋取利益。在实务中，需结合具体证据和法律规定，明确责任主体和追责方式。若您或您的单位涉及此类问题，可直接向我咨询，我将根据具体案情提供详细法律分析。